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肠道功能紊乱时，应在医生指导下结合个人情况选择最合适的药物。常用的药物有促胃动力药、抑酸药、胃复宁胶囊、舒肝和胃丸、抗幽门螺杆菌药物等。
1.促胃动力药：可改善与进餐相关的上腹部症状，可缓解腹胀、早饱、嗳气等症状。常用药有多潘立酮、枸橼酸莫沙必利胶囊、伊托必利及西尼必利。少数患者有腹鸣、稀便或腹泻、腹痛等不良反应，减量或使用一段时间后不良反应可减轻。
2.抑酸药：质子泵抑制剂和选择H2受体拮抗剂适用于非进餐相关消化不良中上腹痛、烧灼感为主要症状者。
3.胃复宁胶囊：肠道功能紊乱患者，可以通过口服胃复宁胶囊进行治疗。该药物具有消食化积、制酸以及止痛的功效作用，可以帮助患者及时有效的缓解食欲不振、胸腹胀满等不适症状。患者在服用胃复宁胶囊期间，可能会出现视力模糊、口干、皮肤干燥、出汗减少以及便秘等药物不良反应。另外患者在服药期间，一定要远离各种辛辣刺激类的食物。
4.舒肝和胃丸：舒肝和胃丸是一种可以有效改善治疗肠道功能紊乱的中成药物，该药物在应对胃脘疼痛、食欲不振、大便失调、肝胃不和、呃逆呕吐、两肋胀满等不适病症的时候，都可以发挥一定的疗效，因此肠道功能紊乱患者，可以合理口服该药物来调理自己的肠胃，及时缓解一些不适。
5.抗幽门螺杆菌药物：幽门螺杆菌(Hp)根除治疗一般采用三联或四联治疗，不推荐单种药物治疗，目前主要推荐质子泵抑制剂(PPI)+铋剂+两种抗生素的四联疗法，推荐的疗程为10天或14天。
请注意，肠道功能紊乱可能由多种因素引起，如饮食不当、肠道内菌群失调、精神因素等。在选择药物时，应结合具体病因和症状，遵循医生的指导。