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正常情况下，幽门口是收缩关闭的， 当胃内食物经胃蠕动排人十二指肠时，幽门口舒张开放，食物排空后，幽门口又收缩关闭，从而可防止胆汁反流人胃。但是当幽门的开闭机制被破坏或发生了生理性退行性改变等，就发生胆汁反流。
总结起来一般有以下几种原因：
1.胆系病变
胆囊、胆管疾病，如胆囊被切除、胆囊炎、胆结石、胆囊息肉、胆管炎或胆系解剖畸形等，这些病变多无临床症状，而是在体检时被发现。一部分患者是在胃镜检查时先观察到胃腔内有黄色或绿色胆汁，甚至胆汁凝块，追踪发现了胆系病变。这些病变引起胆汁反流的原因，与胆系运动功能失调或胆汁性质改变有关。
2.十二指肠病变
正常的十二指肠与胃虽然互相连接，但有强力的幽门括约肌隔开，平时是“大门紧闭”的，除非胃内消化完毕发出指令“开门”才会打开。一旦十二指肠病变，如十二指肠溃疡，尤其是瘢痕形成的畸形、息肉、重度炎症等，造成“门禁不严”，就会让反流液“钻了空子”；或是由于十二指肠病变或运动失调，发生了与正常方向相反的强烈逆蠕动，肠内压力增加，“硬是”将肠内液“冲过”幽门，强行入胃。
3.手术原因
胃部分切除术后，施行过迷走神经切断和幽门成形术、胃肠吻合术后，进行过胆囊摘除术，先天性幽门口关闭不全和中老年人 脏器发生了生理性退行性改变等，可破坏幽门口的“把关”作用，就可发生胆汁反流。
