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以下疾病易误诊为本病，需进行鉴别：
(一)法乐四联症
肺动脉第2音减弱，X线检查示肺缺血，心影呈靴形扩大。大动脉错位肺动脉第2音正常或亢进，肺血管增多，心脏扩大，超声心动图、心血管造影可明确诊断。
(二)永存动脉干
超声心动图见动脉干骑跨在室间隔之上，右心导管检查左、右心室压力相等，心血管造影见单一动脉干位于室间隔之上，冠状动脉及肺动脉均起源于动脉干。
(三)完全型肺静脉异位连接
两者临床症状相似，患儿发育差，均有不同程度紫绀。胸部拍片时，完全型肺静脉异位连接的患者呈现“8”字征;超声显示肺静脉形成共同静脉干，与左心房不连接，由垂直静脉流入左无名静脉。同时常并有ASD。
(四)完全型房室隔缺损
病儿有房室平面的分流，共同房室瓣合并关闭不全时，症状出现早，发生难以控制的心力衰竭，心脏增大明显，过早出现重度肺动脉高压。超声心动图显示房室隔缺损，十字交叉消失，形成前后共同瓣。