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临床表现无特异性，可以似胃炎、胃溃疡或癌肿而难于区分。X线检查也不能对诊断有何帮助。虽然在呕吐物及胃内容物中常能发现大量真菌，但因胃真菌病是如此少见，而胃内容物中可能发现真菌机会甚多，故单纯发现真菌并不能认为是胃真菌病。文献上所有已经报道的胃真菌病均未能有正确的临床诊断，而最后的确诊只能有赖于手术或活组织检查。
临床表现无特异性，在排除胃炎、胃溃疡或癌肿后应考虑本病。活组织病理检查可确诊。