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发病情况与虫株的毒力，机体免疫状况和共生内环境等多方面因素有关。多数无临床症状。表现以腹泻为主的吸收不良综合征，粪便呈水样，可带有黏液，多无脓血，量大，恶臭。常伴有恶心、呕吐、腹胀、腹痛及低热、乏力和食欲减退。儿童因腹泻可引起贫血及营养不良，出现消瘦、体重减轻及生长滞缓等。侵袭胆道表现为胆囊炎和胆管炎症状。
本病根据患者有腹泻、腹胀、上腹部疼痛或不适感，粪便恶臭，并可发现蓝氏贾第鞭毛虫等一般诊断不困难。