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首先要明确一点，ITP的诊断是排除性诊断。根据病史结合临床表现和实验室检查排除以下疾病，ITP的诊断可以成立。
1.新生儿同种免疫性血小板减少性紫癜 尽管本病可见于任何年龄，但是对于新生儿期出现的血小板减少应该注意排除母体ITP或者同种免疫性血小板减少性紫癜。
2.病毒感染相关的血小板减少性紫癜 本病可在急性病毒感染或者接种疫苗以后发生。水痘相关的ITP要特别引起注意，因为个别儿童会出现复杂的凝血紊乱，这主要跟抗蛋白S或者抗蛋白C抗体有关。麻疹、腮腺炎和风疹疫苗(MMR)可以诱发ITP，通常发生在接受疫苗后的6周内。因此英国医疗安全委员会推荐初次接受MMR6周内发展成为ITP的患儿再次接种该疫苗之前应该进行血清学检查，如果血清学结果显示患儿尚未对这3种病毒产生完全的免疫，应给予再次接种。
3.慢性ITP 大于10岁的患儿出现慢性过程很常见。急性ITP病史多比较短暂，一般在24～48h就可以出现紫癜和瘀斑。这时的血小板计数一般在(10～20)×109/L甚至更少。如果患儿的血小板数目相对较高，且皮肤出血点、瘀斑等出血病史持续时间较长者应考虑慢性ITP。
4.周期性血小板减少症 是一种以规律性血小板数目由低到高波动为特征的疾病。这种疾病以年轻女性多见，男性也可以发生，被认为是一种变异的慢性ITP。平均血小板的波动周期为30天左右。某些患者血小板波动情况与月经平行。造成这种周期性波动的病因不明，有的学者认为与月经有关，最近有人发现周期性血小板减少症患者体内存在克隆性T细胞介导这种周期性血小板减少。
5.其他 出血点或紫癜持续数周或数月的患儿，虽临床征象类似于ITP，此时也应注意是否合并某些先天疾病。这些先天性疾病与年龄有关，在年幼的患儿(出生后数周或者数月)类似的疾病有：Wiskott-Aldrich综合征，Bernard Soulier综合征以及其他的一些先天性或者遗传性血小板减少疾病。在年长儿，比较常见的有Fanconi贫血，2B型血管性血友病，严重的骨髓疾病(Down综合征，再障等)。10岁以上的患儿发展成为慢性ITP的概率相对高，应注意和其他的自身免疫疾病诸如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征等鉴别。近年来艾滋病在全球呈现扩大趋势，因此儿童HIV感染后相关ITP也应考虑。表1列出了急、慢性ITP的特征，供鉴别参考。