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(一)治疗
原发性免疫缺陷病的治疗原则：保护性隔离与鼓励患儿以相对正常的生活方式相结合;合理使用抗生素;针对性地进行免疫替代疗法、免疫调节和免疫重建。
1.一般护理
(1)饮食：应保证患婴充足的营养供给(富含三大营养素、维生素、微量元素之饮食)。因母乳中含有抗感染因子及各种适合婴儿的营养素，故应鼓励和促进母乳喂养。
(2)减少感染的机会：一方面生活中要为患儿创造一个独立的居住空间，以减少感染的机会;另一方面应注意呵护有度，鼓励其与健康儿童一起玩耍和上学，以免出现精神障碍。
2.一般治疗
(1)抗生素和抗病毒药物的使用：原发性免疫缺陷病患儿容易反复感染。对于细菌感染抗生素的应用是极为必要的。因为很多患儿会发生严重感染甚至死于初次感染或早期感染，所以一旦病人出现发热或其他感染的征象应尽早应用抗生素。对治疗前适当选用咽拭子培养、血培养，特别是对抗生素不敏感需换用抗生素的患者应及早做细菌培养加药敏。通常抗生素选择上应以杀菌剂为主，剂量比免疫功能正常患者稍大、治疗时间稍长。如果联合应用抗生素效果不佳，就要考虑真菌、支原体或原虫(卡氏肺囊虫)感染的可能性。通过判断可能性最大的致病因素，从而选择有特效的药物，如支原体选用红霉素、卡氏肺囊虫选用磺胺甲?唑(SMZ)等，而不应一味选用更高档的抗生素。
对于免疫缺陷病患儿采用预防性抗生素目前看法颇不一致。对以下情况，如常伴发急性暴发性感染的免缺陷病如Wiskott-Aldrich综合征、虽应用人血丙种球蛋白仍经常发生感染的B细胞免疫缺陷病及缺乏有效治疗方法的吞噬细胞缺陷病，现主张预防用抗生素;而对绝大多数免疫缺陷病患者，仅在急性感染期使用抗感染治疗。
某些免疫缺陷病可使用有效的抗病毒治疗，如接触了流感病毒或有流感的早期表现可应用金刚烷胺;严重的单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒感染可用阿昔洛韦等治疗。
(2)血制品及疫苗的使用：
①特异血清免疫球蛋白：国内有乙型肝炎免疫球蛋白、破伤风、狂犬病等特异免疫球蛋白。国外尚有巨细胞病毒(CMV)、链球菌、假单孢菌、带状疱疹病毒等特异血清免疫球蛋白。有报道利用特异性免疫球蛋白治疗免疫缺陷病病人CMV性肺炎、链球菌败血症等有较好疗效。
②白细胞：吞噬细胞缺陷病发生感染且抗生素治疗后无明显效果者，可通过输注正常献血员的粒细胞。输入粒细胞可引起发热、乙型病毒性肝炎、CMV感染、艾滋病和抗中性粒细胞抗体等，故应严格筛查献血员来排除医源性感染。
③输血或血制品：选择性IgA缺乏症患者禁忌输血或血制品，以避免病人产生IgA抗体，引起严重过敏反应。必要时可输注无症状的选择性IgA缺乏症患者的血液，或患者的自身贮血。有严重细胞免疫缺陷的各种病人输血，为避免发生移植物抗宿主反应(graft versus host reaction，GVHR)，最好使用库血，并须先用3000rad X射线照射，使血内淋巴细胞丧失增殖能力;输注血浆亦需先经X射线照射或冻溶2～3次，以破坏残留在血浆内的淋巴细胞。
④细胞免疫缺陷的病人：各种伴有细胞免疫缺陷的病人都禁忌接种活疫苗或活菌苗，以防止发生严重疫(菌)苗性感染，甚至死亡。
(3)应在绝对适应证时方可进行扁桃体、腺样体、脾摘除术。
(4)慎用糖皮质激素和免疫抑制剂。
3.免疫学治疗
(1)免疫替代：对全丙种球蛋白低下血症、性连锁高IgM免疫缺陷、选择性IgG亚类缺陷、Ig水平近于正常的抗体缺陷或WAS等患者定期给予人血丙种球蛋白制剂，可降低感染率。
目前临床上有两种剂型的丙球可供选用。一种为肌内注射人血丙种球蛋白(IGIM)，另一种为静脉注射人血丙种球蛋白(IGIV)。肌内注射用人血丙种球蛋白禁止作静脉注射，因为其在体内会聚集成大分子量复合物，这种复合物可能与肌内注射人血丙种球蛋白(IGIM)偶尔引起的全身反应有关。人血丙种球蛋白(IGIM)的剂量在治疗体液免疫缺陷病时为每月100mg/kg，通常在3～5天内给予，有研究表明每周10mg/kg剂量太小，不足以维持正常体液免疫功能。人血丙种球蛋白(IGIM)近年来应用更为广泛，其特点是：容易大剂量使用;作用快;不会因为组织中蛋白溶解引起丙球破坏;避免了长期肌内注射的痛苦，且可在伴血小板减少的免疫缺陷病人中使用;比IGIM半衰期更长;可免除感染肝炎病毒或人类免疫缺陷病毒(HIV)的危险;但一些副作用的发病率如恶心、呕吐、面部红肿、胸闷、咳嗽等增加了3～4倍，不过通常并无生命危险。用于免疫缺陷病时常规剂量为0.35～0.5g/(kg·m2)，在反复感染时还可增加大剂量。需要说明的是：丙种球蛋白对细胞免疫、补体、吞噬细胞缺陷症无效,对联合免疫缺陷病人的治疗作用也有限。目前丙球的量效关系尚不确切，鉴于费用昂贵，尚不能证实大剂量更加有效，故暂不主张用大剂量疗法。
(2)免疫调节：
①细胞因子：如IL-1、IL-2、IL-3、干扰素等对治疗与淋巴因子缺乏有关的免疫缺陷如干扰素缺陷病、白细胞介素-2缺陷病有肯定疗效。对于其他免疫缺陷病疗效尚不肯定。此外，非格司亭(G-CSF)、对先天性中性粒细胞缺乏症治疗有效。
②免疫刺激剂：如冻干卡介苗(BCG)、葡聚糖等在体外有很强的刺激免疫作用，对某些肿瘤及慢性病毒感染亦有效，但对原发性免疫缺陷病则无肯定疗效。
③维生素：现已证实维生素C、A、D对维持正常人免疫系统起到非常重要作用，可视为免疫调节剂应用于免疫功能缺陷的病人。
④微量元素：大量实验证明微量元素如铁、锌、硒、锗、铜等在小剂量时可作为免疫佐剂，提高免疫功能;但大剂量时有抑制细胞免疫的作用。
⑤中医中药：中药材中有很多扶正固本的药物，如黄芪、党参、人参等均对免疫缺陷患者有益。现已开发出大量的中成药制剂。曾经使用过的血浆疗法、胎儿胸腺/上皮移植、胎肝移植、胸腺激素、转移因子、左旋咪唑/异丙肌苷疗法均因疗效不肯定而被逐渐废弃。
(3)免疫重建：通过免疫器官或组织的移植使患者恢复其免疫功能的方法称之为免疫重建。
①骨髓移植术：骨髓移植是惟一能根治严重联合免疫缺陷病、网状组织发育不良、腺苷酸脱氨酶缺陷、嘌呤核苷酸磷酸化酶缺陷等疾病的方法。通过淋巴干细胞的移植消除淋巴细胞生成障碍。此外，骨髓移植也适用于以移植粒细胞系干细胞为目的的治疗，如治疗遗传性中性粒细胞减少症、慢性肉芽肿病、Chédiak-Higashi综合征、肌动蛋白无能症、白细胞黏附缺陷病等。给严重联合免疫缺陷病患者作骨髓移植的特点是：
A.不需在术前作免疫抑制处理。
B.小剂量骨髓有核细胞植入即可获得成功。
C.HIA不同型的骨髓移植后发生严重的常常是致死性的GVHR，移植骨髓血有核细胞一般为(1～50)×107/kg。细胞数越多，其存活率也越高，但是发生CVHR机会也越大。为避免CVHR的发生选择供体非常重要。HIA一致的同胞是最好的供体，或选混合淋巴细胞培养阴性的HLA配型一致的无血缘关系者。其次是HLA50%一致的双亲作为供体。
②胸腺移植术：胸腺移植是以移植胸腺基质细胞及胸腺组织为目的，以便让患者未成熟的T细胞得以分化，适应证是由于胸腺缺陷所引起的T细胞生成缺陷，如DiGeorge综合征及Nezelof综合征等疾病。供者胸腺中的成熟T细胞是发生GVHR的原因，因此尽可能使用胚胎早期胸腺(胎龄16周以内)。移植部位目前多选择将细碎的胸腺组织埋入大腿肌或腹直肌的肌腔下。
③基因治疗：其方法为将所需的基因插入至周围白细胞或骨髓干细胞中，随后将这些细胞定期输入基因缺陷的病人，以纠正由于基因缺陷所产生的免疫缺陷病，也就是转基因治疗。成功的基因治疗依赖于对引起免疫缺陷基因的认识，并能克隆成功。适应证为单基因遗传病。目前基因治疗已经在缺乏腺苷脱氨酸(ADA)的严重联合免疫缺陷病的少数儿童治疗中取得了鼓舞人心的效果。相信随着人类基因组图谱的破译，会使免疫缺陷病的转归发生根本性的改观。
(二)预后
大多数原发性免疫缺陷病源于遗传,终生患病.其预后变化很大,某些免疫缺陷病可用干细胞移植治疗，大多数抗体缺陷或补体缺陷的患者若能及早诊断,正规治疗,不伴有慢性疾病(如肺部疾病)有较好的预后,寿命与正常人相仿。其他免疫缺陷病人如吞噬细胞疾病,联合缺陷病或抗体缺陷疾患的慢性感染会影响其寿命。大多数患慢性病病人需积极治疗(如静脉注射IgG,抗生素,体位引流,手术等)。有一些免疫缺陷病人预后差,寿命短(毛细血管扩张性共济失调,未经移植的严重联合免疫缺陷病)等。