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Hp的诊断方法有多种，主要分为两大类：直接法和间接法。
1.细菌的直接检查 用培养、PCR、组织学方法直接检测胃黏膜内的Hp。
(1)培养法：通过胃镜钳取胃窦黏膜作Hp培养是最精确的诊断方法，可作为验证其他诊断性试验的金标准。此外，还可提供细菌的药物敏感试验，指导临床选用药物，尤其是治疗失败者或生活在Hp耐药性很高的国家与地区。Hp培养法特点是特异性高，但敏感性居中，操作技术难，耗费时间较长，培养需3～6天，即使是有经验的实验师操作，培养成功率也仅达75%～95%。影响Hp生长，造成假阴性结果的因素有许多，如培养标本不含Hp;胃镜检查时吞咽表面麻醉剂;活检钳污染;或最近使用过抗生素或铋剂，这些均能抑制细菌生长。此外标本接种时间与分离培养基是否新鲜也有关。
最近报道从人的粪便中也可培养出Hp，但需在微氧的环境下离心，浓缩细菌而获得，因为目前只能在50%Hp定植患者的粪便中检出，所以对此非侵袭方法尚需作进一步研究。
(2)组织切片法：另一种Hp的直接检查法，能提供组织形态学的信息，因为Hp定居在人胃黏液的黏液下层，上皮细胞表面，正常情况下该部位不存在其他细菌，因此根据在组织切片上的形态特点和分布特征 (在胃黏液和胃腔之间存在螺旋杆菌状物)，即可诊断Hp感染，是较可靠的方法。组织学检查特点是敏感性高，可同时做病理检查，并可永久保存资料。染色方法很多，包括HE染色、Gram染色、碳酸复红染色、W-S(Warthin-Starry)染色、Giemsa(吉姆萨)染色等。革兰染色，因检出率低几乎已不用;标准HE染色能检出Hp，但也不是可靠的方法，W-S银染是很好的技术，尽管价格和技术要求高，由于检测有效，临床应用较为普遍，吉姆萨染色费用较少，一些作者认为此方法在质量上与W-S银染相等。
除常规的组织学检查外，还有免疫化学和免疫荧光方法，但需使用免疫荧光镜和免疫抗体，使检查变得更昂贵，且又不能提供常规组织学发现以外的信息，因而不能常规使用，多用于实验室研究。
(3)直接涂片染色：用相差显微镜直接检查涂于玻片上的胃黏液中Hp。可用吖啶橙染色、革兰染色、Giemsa染色。
(4)PCR(聚合酶联反应)：PCR是检测Hp是否存在另一种方法，特点是即能快速检测到新鲜胃黏液标本中的Hp，也能检测石蜡包埋的活检样本。PCR的引物对所有Hp菌株是特异的，故具有高度特异性。和快速尿素酶、培养法和组织学比较，PCR又具有高度敏感性。但一些隐匿的因素能影响此高度的敏感性和特异性，如内镜和活检钳清洗、消毒不严导致DNA污染，使特异性降低，使敏感性降低的因素有细菌在胃黏膜的斑块状定植或PCR抑制因素的存在。PCR可用于Hp感染的临床诊断，流行病学调查，Hp的分子遗传学研究。
2.细菌的间接检查 利用细菌的生物特性，特别是Hp水解尿素的能力而产生呼气试验，尿素酶试验。血清学因不能提供细菌当前是否存在的依据，故不能用于目前感染的诊断，主要用于筛选或流行病学调查。对临床医师来说。根据医院的条件，选择合适的方法用于病人是重要的，目前主要采用联合方法诊断。
(1)快速尿素酶试验：因Hp是人胃内惟一能够产生大量尿素酶的细菌，故可通过检测尿素酶来诊断Hp感染。尿素酶分解胃内的尿素生成氨和二氧化碳，使尿素浓度降低，氨浓度升高。基于此原理，已发展了多种检测方法。
胃黏膜活检组织快速尿素酶试验为目前临床应用最广泛的一种方法，具有简便、实用快速、灵敏等优点，但受细菌数量影响，活检组织中Hp数量很少时，易出现假阴性;在使用铋剂、氨苄西林，甚至H2受体拮抗药治疗后，尿素酶试验的敏感性明显降低，故此方法主要用于最初检测Hp感染。目前所用的方法有如下两种。
①pH指示剂法：试剂中含有尿素和pH指示剂(如酚红pH 6.8时为黄棕色，pH 8.4时为粉红色)。从胃内取出的标本通常呈酸性(pH<6.0)，一般情况下试剂的颜色不变，如果胃内有Hp感染，当黏膜标本放入试剂中，Hp所产生的尿素酶则分解尿素产生氨，使pH值升高，试剂变为粉红色。
②分析化学法：采用分析化学原理检测Hp尿素酶的最终产物，由于阳性显色反应不是取决于试剂中pH改变，可以避免一些影响pH的因素所致的假阴性。福建三强生化有限公司生产的CPUT试剂盒属于这种方法，可半定量指示Hp感染的程度( 、 、 、 )。
(2)呼气试验：用核素标记尿素，口服后测定呼气中标记的CO2量，能间接反映尿素酶的量，属非侵入性检查。呼气试验具有快速、可靠、安全、无痛苦的优点，适合大规模流行病学调查，表明目前是否有Hp感染，而不是曾否有过感染，因此优于血清学检查。有研究发现服用胶态次枸橼酸铋剂2h后，即可见14CO2量明显降低，因此用于疗效观察是一种较敏感的指标，也是随访的一种理想方法。呼气试验根据标记物的不同，分为13C-尿素呼气试验(breath test)和14C-尿素呼气试验。
(3)13C-尿素呼气试验：受试者口服13C-尿素5mg/kg，随后每10min收集一次呼气标本，连续3h。如果胃内有Hp感染，口服的13C-尿素溶液在尿素酶的作用下分解成13CO2，经胃肠道吸收后呼出。收集的气体标本用质谱仪分析，计算13CO2含量。有Hp感染者在口服试液后20min即出现13CO2升高，在100min内持续升高，而无Hp感染者无13CO2呼出。13C为稳定性核素，无放射性，可反复检查。但13CO2测定较为复杂，需用质谱仪，费用昂贵，多数医院尚不能开展。
(4)14C-尿素呼气试验：为了克服13C-尿素呼气试验操作复杂、费用昂贵的缺点，用14C-尿素取代13C-尿素，得到同样满意的效果。检测14C用液体闪烁计数器即可，因而更为实用。其缺点是14C有一定的放射性，不适合于孕妇及儿童。
影响呼气试验精确性因素：假阴性结果最常见原因是用抗生素、铋剂或奥美拉唑不久后做的呼气试验(一般要求在治疗结束后至少1个月再进行);其次是尿素从胃排空过快或样本收集太迟。假阳性结果为体内存在或口腔内存在有尿素酶活性的细菌。
但呼气试验仅能提供Hp存在的信息，而不能区分消化道疾病，无法代替胃镜检查，不能作为有上消化道症状儿童的最初评价方法。
(5)血清学检查：Hp的血清学诊断是非侵袭和间接的方法，主要用于流行病学或筛选，不能单纯作为Hp感染最初的诊断工具，除非和其他方法联合应用。血清学检查的基础是Hp具有诱导机体局部和全身产生免疫反应的能力，用细菌凝集、补体结合和ELISA三种方法能检测到Hp抗体，ELISA由于操作简单，诊断快速，价格便宜和敏感性高等因素，故临床应用较多。
ELISA方法有2种：
①定性试验：以阴或阳性表示，不仅用于血清，也可用于唾液、牙龈分泌物，特别适用儿童，缺点是假阳性率高，故阳性结果常需补充另一个肯定方法。
②定量试验：由机器测试，结果更精确，还可用于治疗后的随访检查。
血清学试验由于为非侵入性且简单在儿童中应用受欢迎，是一个理想的筛选试验，小儿中由于Hp感染比成人少。阳性发现较成人更有助于诊断，文献报道小儿中IgG抗体含量与细菌的多少或胃炎组织学严重程度之间有一定相关性。但血清学不能作为单一的诊断试验用。且因Hp根除后抗体下降缓慢，故也不能用于抗菌治疗后的即刻随访。
血Hp免疫印迹法：Hp-IgG抗体、cagA、vacA蛋白抗体，可用于区分感染的菌株的类型，但价格昂贵。
Hp诊断检测方法的比较(表1)。
常规做胸片X线检查和B超检查,除外某些慢性疾病如结核、肝炎。