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(一)发病原因
迄今，炎症性肠病病因、发病机制未明。多认为由多种因素相互作用所致，包括遗传、感染、精神、环境、饮食、黏膜局部免疫紊乱等因素。目前认为IBD发病机制可能为：某些遗传决定因素使易感个体易于患病，在感染因子或肠腔内抗原的作用下刺激黏膜相关淋巴组织，引起上调的T细胞反应，由此激活各种细胞因子的网络，使局部组织发炎，并不断放大和持续，引起肠壁的损伤和相应的临床表现。
(二)发病机制
1.发病机制
(1)遗传因素与环境因素：有大量证据表明IBD有一定的遗传易感性。流行病学研究发现IBD患者亲属发病率高于人群，CD高出30倍，UC高15倍。单卵双生报道134例中16%有一、二级直系亲属患有。IBD这种家族聚集现象提示与遗传有关。但这种遗传不符合简单的盂德尔遗传规律。UC及CD的单卵双生子同患率高于双卵双生子。某些IBD患者常伴发与遗传基因相关的疾病以及伴发具有遗传易感性的免疫疾病。IBD相关基因研究表明，HLA-Ⅱ类基因与IBD相关，IBD是多基因疾病，IBD相关基因位点在多处染色体上，UC和CD可在同一基因，也可不在同一基因。
IBD的发生不仅与遗传因素有关，环境因素也参与。单卵双生子100%为共同基因，实际并非100%单卵双生子同患IBD，说明IBD的基因渗透率低，环境因素起部分作用。不同的地理位置的发病率和患病率有明显差别，一项调查亚洲移民及其后裔的发病情况结果显示移民后IBD易患性增加，提示IBD不仅与遗传因素有关，也受环境因素影响。
(2)免疫因素：炎症性肠病的自身免疫反应过程为肠上皮细胞的蛋白质与侵犯肠壁的病原体之间有共同抗原性，肠黏膜经病原体反复感染后，诱导体内产生对自身肠上皮细胞具有杀伤能力的抗体、免疫复合体、免疫淋巴细胞被激活的免疫细胞、巨噬细胞释放多种细胞因子和血管活性物质，加重炎症反应，肠黏膜内淋巴细胞对肠上皮细胞有细胞毒作用。因此在炎症病变中淋巴细胞、浆细胞、肥大细胞增加。临床上除肠道症状外还有肠外表现，为一系统性疾病，使用肾上腺皮质激素与免疫抑制剂使病情改善。从临床实用的、较为大家公认的IBD的发病机理是，某些遗传因素使易感个体易于患病，在感染因子或腔内抗原的作用下刺激黏膜相关淋巴组织，引起上调的T细胞反应，由此激活各种细胞因子的网络，使局部组织发炎，并不断放大和持续引起肠壁的损伤和相应的临床表现。
(3)感染因素：多年来，一直认为IBD的发生与感染因素有关，感染因素为“触发因子”，启动了一系列肠道黏膜免疫反应而致病。副分枝结核样菌和麻疹病毒感染被认为与CD有关，也有报告难辨梭状芽孢杆菌外毒素与UC的复发与活动有关，但均未得到证实。
最近，一种有关微生物促进IBD发生的不同观点正日益为人们接受。IBD特别是CD是由针对正常菌群的异常免疫反应引起的。大多数动物在无菌环境中不会发生结肠炎，IBD病人针对细菌抗原的细胞免疫反应和体液免疫反应增强，细菌滞留有利于IBD发生，而粪便转流防止CD复发;抗生素和微生态制剂对一些IBD患者有治疗作用，这些研究均表明IBD可能是对正常菌群免疫耐受缺失所致。
(4)其他：精神压力，焦虑不安及周围环境均能诱发或加重小儿的病情，牛奶也可引起一些婴儿的结肠炎症。
2.病理改变 本病病变范围有75%局限在左半结肠和直肠，且以直肠最常见，10%可以倒灌到回肠末端，一般不超过20cm的范围。所累及的部位发生弥漫性病变。
肉眼所见结肠黏膜充血、水肿、颗粒不平，血管走行模糊。随着炎症加重，黏膜弥漫出血，糜烂及溃疡形成，溃疡表面有渗出物附着，可有假息肉甚至黏膜桥形成。少数患者可发生肠狭窄、短缩、肠皱襞消失，呈铅管征。
显微镜下观察结肠黏膜呈非特异性炎症性改变。在病变活动期，黏膜改变显著，杯状细胞减少，腺上皮间中性粒细胞浸润，陷窝脓肿形成。病变集中在黏膜和黏膜下层，出现广泛糜烂和形成溃疡。严重者溃疡深大，可达浆膜层，甚至穿孔。溃疡修复时上皮再生，纤维组织增生和残存的岛状黏膜构成假息肉。缓解期黏膜充血、水肿消失，轻者腺管结构可恢复正常。病变持续或反复发作者可出现纤维组织增生，淋巴管扩张，腺管萎缩。有时虽仍有假息肉存在，但并无活动性炎症。