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由于UC缺乏特异性的诊断标准，CD又难以获得可确定诊断的病理组织学的结果——非干酪样肉芽肿，目前对于IBD的诊断还是比较困难的。
1.溃疡性结肠炎的诊断和鉴别诊断 溃疡性结肠炎为局限于结肠黏膜的慢性弥漫性炎症，从直肠开始向近段蔓延呈连续性、对称性分布，病变为炎症和溃疡。
临床表现以血性腹泻为特点，发作与缓解交替，腹泻也可表现为黏液便，可伴腹痛、里急后重、呕吐、厌食。常有明显的生长迟缓、贫血、发热、低蛋白血症等全身表现以及关节炎、虹膜睫状体炎、肝脾肿大等胃肠道外表现。
结肠镜检查和黏膜活体组织学检查是诊断的关键。病变从直肠开始，呈弥漫性分布，结肠镜下表现为;黏膜血管纹理模糊、紊乱，充血、水肿、易脆、出血、及脓性分泌物附着;病变明显处尚可见到弥漫的多数性糜烂、溃疡;慢性病变者可见结肠袋变浅，假息肉形成及黏膜桥形成。组织学上所见随病变活动与缓解而有不同。 UC病变主要累及黏膜和黏膜下，黏膜固有肌层仅在暴发性UC时受累。活动期上皮和隐窝急性炎症细胞浸润，尤其上皮细胞中性粒细胞浸润、隐窝炎，隐窝脓肿形成;慢性期有隐窝结构改变，早期隐窝上皮增生，后期隐窝大小形态不规则，极向不正常，腺体排列紊乱，扭曲分叉，黏液分泌减少，胞浆嗜碱性改变，固有膜慢性炎症细胞浸润。如发现炎症活动性与慢性化综合表现诊断价值更大。
溃疡性结肠炎与以下疾病相鉴别：
(1)感染性肠炎：很多感染性肠炎如沙门菌、志贺菌、大肠埃希菌、耶尔森菌、阿米巴原虫和难辨梭状芽孢杆菌所致肠炎表现为急性起病的黏液脓血便、血便，结肠镜下所见及组织学改变，如黏膜血管纹理模糊、紊乱，充血、水肿、易脆、出血、糜烂、溃疡，急性或慢性炎症细胞浸润，与早期或不典型UC相似。因此，UC 应与上述疾病相鉴别。
①一般细菌性肠炎：UC与多数细菌性肠炎的主要区别在于症状持续时间。UC所致血便、黏液脓血便常常持续数周至数月不等，而细菌性肠炎的血性腹泻则较短。由沙门菌、志贺菌、弯曲菌感染引起的肠炎虽然症状类似于UC，但血便一般在3～5天后即可得到缓解。耶尔森菌感染性肠炎症状持续14～17天。细菌性肠炎大便培养可阳性。UC与感染性肠炎另外一个重要区别在于病理改变，UC常有隐窝结构的改变，呈不规则扭曲和分叉状，数量减少，黏液分泌缺失及隐窝扩张。
②难辨梭状芽孢杆菌性肠炎：亦称假膜性肠炎，腹泻可持续数周至数月，但该病患儿在发病前多有服用抗生素史，水样便多见，血便少见，大便中可有大小不等的假膜，结肠镜下可见肠壁上附有典型的圆形或椭圆形黄色假膜有助于与UC相鉴别。必要时作难辨梭状芽孢杆菌(CD)毒素测定。
③溶组织阿米巴肠炎：症状持续数周至数月，大便呈暗红色果酱样，重者可为全血便，结肠镜下表现为灶性、出血性溃疡，中央开口下陷，呈烧瓶样，病灶之间黏膜正常。而UC呈弥漫性改变。有条件者应作阿米巴血清学试验。
(2)缺血性结肠炎：发病年龄大，多为老年人，结肠镜下主要表现为水肿、红斑和溃疡形成，病变以结肠脾曲、降结肠和乙状结肠为主，直肠很少受累。
(3)放射性结肠炎：是盆腔或腹部放射治疗后发生的并发症，以累及直肠、乙状结肠多见。放射线对肠管的损伤作用，主要是抑制上皮细胞有丝分裂和引起黏膜下小动脉闭塞性炎症和静脉内膜炎导致肠壁缺血性改变。放疗后出现腹泻，多为黏液血便。结肠镜下可见受累肠段弥漫性充血水肿，并有红斑及颗粒样改变，易脆、糜烂、溃疡;晚期黏液苍白，黏膜下血管异常扩张，肠管狭窄，肠壁增厚。结肠病理改变为炎症细胞浸润和黏膜下小血管炎或毛细血管扩张。
2.Crohn病的诊断和鉴别诊断
(1)CD病：Crohn病(CD)是一种病因未明、可累及胃肠道各部位的慢性肉芽肿性炎症，以回肠末段极其邻近结肠最常受累。病变多呈节段性、非对称分布，直肠极少累及。
①诊断：临床表现为慢性起病，反复腹痛，腹泻，可伴腹部肿块、肠瘘和肛门病变，以及发热、贫血、体重下降、发育迟缓、关节炎、虹膜睫状体炎、肝病等全身合并症。综合临床表现、影像学、内镜及组织学检查，采用排除诊断法。
影像学检查对诊断很重要。小肠钡剂造影和(或)钡灌肠可见多发性、节段性炎症伴狭窄、鹅卵石样改变、裂隙状溃疡、瘘管或假息肉形成等。B超、CT、MRI显示肠壁增厚腹腔或盆腔脓肿。
内镜下所见最早、最明显的是细小而边界清楚的黏液溃疡，称“阿弗他”溃疡，常呈多灶性分布，病灶之间被正常黏膜分隔。还可见节段性、非对称性的黏膜发炎、纵形溃疡、鹅卵石样改变、跳跃式分布的肠腔狭窄和肠壁僵硬等。
主要组织学特点有两点：一是炎症的穿壁性，在淋巴和小血管周围形成淋巴样集聚，这些淋巴积聚改变可分布与肠壁的任何部位;二是非干酪样肉芽肿形成，数量少，散在分布，构成欠完整。
②排除相关疾病：要排除急性阑尾炎、肠结核、其他慢性感染性肠炎(如耶尔森菌肠炎)、肠道淋巴瘤、溃疡性结肠炎等疾病。
(2)与阑尾炎鉴别：回盲部的CD常常容易与急性阑尾炎混淆。阑尾炎常常急性起病，严重腹痛伴肌紧张，CD在发病前常有一段时间的腹泻史。
(3)与肠结核鉴别：肠结核与CD在临床表现和病理学方面极为相似。肠结核最常见的部位是回盲部。如果患儿同时有肺结核，那么肠结核的诊断不难。但肠结核可在无肺结核的情况下发生。如有生殖系结核或伴其他器官结核，血中腺苷酸脱氨酶(ADA)活性增高，多考虑肠结核，肠结核的肠壁病变活体组织检查可有干酪样坏死、黏膜下层闭锁。如有肠瘘、肠壁或器官脓肿、肛门指肠周围病变、活动性便血、肠穿孔等并发症或病变切除后复发等，应多考虑CD，病理活体组织检查可见结节病样肉芽肿、裂隙状溃疡、淋巴细胞聚集，但无干酪样坏死。重要的是勿将肠结核误诊为CD，因为激素的应用会使肠结核恶化。鉴别有困难者建议先行抗结核治疗。有手术适应证者行手术探查，对切除的病变肠段除进行病理检查外，还要取多个肠系膜淋巴结做病理检查。
(4)与小肠淋巴瘤鉴别：小肠淋巴瘤的部分症状与CD也颇为相似，如发热、体重下降、腹泻、腹痛等。影像学检查有助于鉴别诊断。小肠淋巴瘤多为肠壁弥漫性受累伴肠壁块影，而CD的病变往往局限于回肠，表现为肠壁的溃疡形成和肠腔狭窄。
3.溃疡性结肠炎与Crohn病的鉴别诊断 两者的临床表现有所不同。UC以血便为主;而CD患儿少见血便，以慢性腹痛为主，有时在回盲部可触及一痛、质软的炎性肿块。CD常合并肠瘘。
两者的另一主要区别在于疾病的分布的部位。UC常由直肠开始，向近段延伸累及结肠某一部位而停止，病变呈连续性，往往仅累及结肠。而CD则可以累及全胃肠道的任何部位，其最常见的病变部位为回肠末段和近段结肠，病变呈节段性，病灶之间黏液正常。
内镜下表现和病理组织学检查，两者各有特点。