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1.病原学检查
(1)痰或支气管分泌物的培养及涂片检得真菌：约10%～20%正常人的痰液也可查得此菌。必须区别是寄生菌抑或为致病菌。白色念珠菌在侵入黏膜致病可形成假菌丝，故痰直接涂片发现念珠菌孢子及假菌丝则有助于诊断。以沙保葡萄糖琼脂培养基作痰念珠菌分离培养，于37℃温箱或室温下培养3～5天，可见乳白色湿润光泽圆或卵圆形菌落，具特殊酵母香味，如菌落数目超过50%则有诊断意义。当移种在玉蜀黍培养基上时，则可见到分枝状菌丝及厚膜孢子等本菌的特征。在葡萄糖琼脂培养基上，37℃或室温下孵育可得乳黄色或褐黄色菌落。动物实验证实隐球菌对小白鼠致病。痰或支气管分泌物中找到隐球菌，结合临床可作出肺隐球菌病的诊断。
(2)脑脊液中检得真菌：在有脑膜炎临床表现的患者中，取脑脊液作涂片墨汁染色及培养可检出新型隐球菌。在确诊为隐球菌脑膜炎后，应同时检查肺部原发病灶。50%隐球菌脑膜炎患者脑脊液中可用墨汁染色检出隐球菌。
(3)血培养：特别是在免疫功能低下的患者，血培养多次获得真菌者有助于播散型隐球菌病的诊断。一般血培养较少获得阳性，如为阳性则提示为严重感染。对身体浅表部位发生白色念珠菌感染或念珠菌肠炎者，应早期、反复送检血培养。培养时间不应少于4周。阳性结果有诊断价值。
(4)肺活检：亦有助于确诊。遇危重病例肺部有大块融合病变者，可作肺穿刺，取肺穿刺液作培养及直接涂片，发现病原菌有确诊意义。
(5)阴道分泌物：对新生儿患者，应检查母亲阴道有无白色念珠菌病。新生儿经产道吞入或吸入污染的羊水而致病。
(6)酶联免疫吸附法：酶联免疫吸附法检测血中念珠菌抗原有助于诊断。采用气液色谱仪检测白色念珠菌，灵敏度高，可快速得到结果。
(7)皮试和动物试验：真菌抗原皮肤试验血清学检查、动物接种等可协助诊断。
(8)PCR检测：PCR检测真菌高度保守特异性rDNA片段的敏感性比乳甘露糖测定及乳胶凝集试验都高。另外，有人将发光剂Calcofluor white，Blankophor和IJvitex等二苯乙烯类化合物用于体液、组织切片、涂片及皮屑毛发进行真菌染色，使标本在紫外线下发出蓝白或黄白色的光，能够提高镜检的敏感性，提高检出率(达95%)。
(9)其他：尿、粪便、分泌物、胸腔积液、脑积液、脓液等的涂片、培养、组织检查找到真菌孢子及(或)菌丝是诊断的重要依据，见到典型的菌丝及真菌培养阳性，真菌培养基的真菌产出率比标准的细菌培养基高。 2.乳甘露糖 是曲霉菌的一种多糖抗原，可用于高危人群的早期诊断。血清(1→3)-β-D-葡聚糖是真菌细胞壁的重要成分，不仅可用于早期诊断深部真菌感染，还可监测其血浆中含量变化，以提示患者对抗真菌药治疗的反应。
X线检查胸片有点状阴影，可似粟粒性结核，并有大片实变灶，少数有胸腔积液及心包积液，肺部病变主要分布在中、下野，尤以下部为多，一般不侵犯肺尖，归纳肺部X线表现有6型：
①肺炎型：呈大片致密阴影，可累及多个肺段或肺叶，少数呈节段性改变。
②支气管肺炎型：表现为沿支气管分布的可呈弥漫性斑点状和棉絮状阴影，以两下肺多见。
③肺脓肿型。
④炎性肿块型。
⑤曲菌球X线改变具有特征性。
⑥胸膜炎型:少数患儿可并发渗出性胸膜炎。阴影在短期内变化很大，一处肺野阴影减退，另一处阴影又可增多。急性血行播散性炎真菌性时，X线检查可见粟粒状阴影、弥散性结节状阴影或多发性小脓肿。必要时可作CT、B超、心电图等检查。