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吸收不良综合征由于营养物、维生素、电解质吸收障碍，引起一系列病理生理改变，主要临床表现有：
一、腹泻及其他胃肠道症状
腹泻为主要症状，且最具特征。每日排便3-4次或更多，粪量多、不成形、色淡有油脂样光泽或泡沫，有恶臭。也可为水样泻。少数轻症或不典型病例可无腹泻。伴有腹鸣、腹胀、腹部不适，但很少有腹痛。部分病人可有食欲不振及恶心、呕吐。
二、营养缺乏症状
腹泻发生后，由于蛋白质丢失及热能供应不足，患者逐渐感乏力、消瘦、体重减轻，可出现贫血，下肢浮肿，低蛋白血症。
三、维生素及电解质缺乏症状
可出现不同程度的各种维生素缺乏或电解质不足的症状。如维生素D及钙的吸收障碍可有骨痛、手足搐搦、甚至病理性骨折;维生素B族吸收不良可出现舌炎、口角炎、周围神经炎等;维生素B12叶酸及铁吸收不良可引起贫血;钾离子补充不足可加重无力、软弱、生理少尿、夜尿等。
继发性吸收不良综合征除上述吸收不良表现外，还具有原发病表现。