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有食管畸形和气管瘘者,多在出生后数天内出现呛咳、流涎及吸入性肺炎等症状。食管膈膜狭窄者,表现症状也较早。婴儿年龄越小,表现吸入性肺炎的症状也越明显,经常出现呼吸窘迫症状。由于喂奶或进食后发生食物反流,反流食物和唾液可进入气管,引起吸入性气管炎或肺炎。