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胎儿缺氧可引起群体反射，排出胎粪，并出现真性呼吸，将胎粪羊水角化细胞一齐吸入，稠厚胎粪多量吸入可致完全性气管阻塞、肺不张、急性窒息缺氧。稀薄的胎粪羊水或吸入量不多，则可导致部分阻塞，引起亚节段性肺不张、阻塞性肺气肿，若肺泡破裂可致间质气肿或气胸。当气体沿血管壁和淋巴管扩散到纵隔可引起纵隔气肿。
胎粪羊水刺激呼吸道粘膜或继发感染可导致肺炎。进入康复期后，吸入物被吸收或吞噬，严重病例形成纤维化，出现肺气肿等病变。
出生时胎粪污染全身，若胎儿浸在胎粪羊水中4～6小时，指趾甲可染呈黄绿色，10～12小时者脐带、胎脂、胎盘羊膜均可染呈胎粪色。新生儿呼吸受到严重抑制，出现心动过缓、肌张力低及休克。有自主呼吸后可见呼吸急促，渐至呼吸困难、肋间凹陷及呼气呻吟、皮色发绀。如青紫严重，吸氧无好转者，应考虑合并新生儿持续肺动脉高压。肺部体征与吸入胎粪多少和厚薄有关。若有气胸，两侧呼吸动作、呼吸音可以不对称。
严重窒息缺氧时引起心血管适应障碍，右向左分流，巨心伴末梢循环充血不良，偶可出现抽搐。血气发析显示PO2降低，Pco2升高及pH降低。重症病例在生后数分钟至数小时死亡，幸存者病程迁延。一般病例2天内明显好转，10天或更长时间后完全康复，轻型病例可生后数小时后才出现呼吸困难，经X线检查稍有肺纹理增粗、轻度肺气肿、膈肌轻度下降。对胎粪吸入较多者两肺可有密集斑片状或结节状浸润，肺过分膨胀，偶有胸腔少量积液，间质性肺气肿，纵膈积气或气胸。