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由于PTL的发生与免疫抑制程度密切相关，预防的措施主要是减少病人应用过多的免疫抑制剂。一组82例肾移植儿童病人的资料显示，1989～1992年的29例病人在用以FK506为基础的抗排异方案治疗后，其中5例发生了PTL，发病率为17%;1993～1996年的53例病人采取了快速减少FK506和糖皮质激素用量，而仅2例发展为PTL，即发病率降为4%。
目前抗EBV特异的细胞毒T细胞已预防性地用于高危发生EBV诱导的淋巴瘤的异基因骨髓移植受者中。此外，由于供者B细胞似乎是骨髓移植后EBV相关淋巴瘤的起源，去除供者B细胞可能也是一种较简单的预防措施。