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(一)治疗
治疗之前必须明确诊断。在缺乏实验室证据，没有分离出真菌，最好延迟或不进行抗真菌治疗，因为一些少见的微生物如放线菌、阿米巴、厌氧菌都可引起巩膜炎或角巩膜炎。
临床上理想的抗真菌药应当无毒、广谱及易透入眼组织。抗真菌药物需长期的局部点眼、结膜下注射、口服和静脉滴注。由于缺乏特效的抗真菌药物和药物穿透眼组织较少，限制了抗真菌药物的治疗效果。不同真菌菌株对抗真菌药物的敏感性差异较大，应针对不同真菌菌株，选用有效的抗真菌药物治疗。常用抗真菌药物有多烯类(polyeneantibiotics)、三唑类(triazoles)及其他类。
多烯类抗真菌药，能与敏感真菌细胞膜上的固酶结合，破坏真菌细胞膜的通透性，影响真菌的代谢，从而起到抗真菌作用。
二性霉素B(amphotericinB)，可用葡萄糖配成2～5mg/ml滴眼，高浓度刺激性大，应慎用。结膜下注射每天或隔天1次，200µg/0.5ml，静脉滴注0.25～1mg/kg，溶于5%葡萄糖或果糖500ml，6h滴完。该药眼内通透性差，可损害肾功能，结膜下注射易致结膜坏死。二性霉素溶液不稳定、怕光，应新鲜配制、放冰箱中可保存4天。
那他霉素(pimaricin)，广谱抗真菌药，可配成5%混悬液滴眼。每天不少于20次，巩膜炎或角巩膜炎愈合后4～6次/d，维持2～3周。近年文献报道采用那他霉素联合其他抗真菌药，效果更佳。
目前认为最有希望的抗真菌药为三唑类。
咪康唑(miconazole)为广谱抗真菌药，无毒，渗透强。适用不能耐受二性霉素B及疗效不良的严重真菌性巩膜炎。采用0.5%的滴眼液或1%的眼膏点眼或5～10mg溶于生理盐水0.5ml中结膜下注射，每天或隔天1次，也可点眼或结膜下注射交替应用。静脉滴注200mg加入5%葡萄糖250ml，1h滴完。全身用药可能发生甘油三酸及β蛋白升高。
酮康唑(ketoconazole)，广谱抗真菌药，毒性低，渗透性强。2%溶液点眼，口服片剂易被血液吸收，100～300mg，3次/d。全身用药可渗透到角膜和房水中，但不能渗透到玻璃体内。用咪康唑点眼、结膜下注射同时口服酮康唑治疗真菌性巩膜炎，80%的患者可获痊愈。
氟康唑(fluconazole)在唑环上含有3个氮原子，能抑制真菌细胞膜上麦角固醇合成，从而发挥杀菌作用。滴眼剂浓度为0.2%～1.0%，6～10次/d;结膜下注射0.5～1mg，每天或隔天1次，口服100～200mg/d，首次加倍，24h即出现明显效果。口服易吸收，能透入脑脊液(CSF)、房水、玻璃体。毒副作用小。
伊曲康唑(itraconazole)抗菌原理与氟康唑相同。体内外抗真菌活性一致，能强有力地抑制大多数致病真菌，尤其是曲霉菌。口服200mg，3周后真菌性巩膜炎治愈率80%。
赛普康唑(saperconazole)是一种亲脂性三唑类药物，对曲霉菌有较强活性。治疗眼部感染时，口服100～200mg，1次/d;滴眼剂浓度为0.25%～0.5%;结膜下注射5～10mg。赛普康唑口服的浓度较低，此与氟康唑相反，滴眼时44.17%的药物具有生物活性。
对真菌性巩膜炎或角巩膜炎首选药物治疗。如果对巩膜炎或角巩膜炎抗真菌药物治疗不能控制组织溶解病变的发展，仍需外科手术治疗。手术的目的是直接切除病灶。手术为治疗性巩膜或角巩膜切除活检，既切除了感染的局部病灶，又可增加局部抗真菌药物的通透性，提高抗真菌药物的疗效;对较严重的巩膜炎或角巩膜炎病例，经过适当的抗真菌药物治疗后，可进行巩膜移植和(或)板层或穿透性角膜移植。
Judy报道1例巩膜扣带术后长期局部应用醋酸泼尼松2～3个月，发生鼻下方周边巩膜变薄，局部隆起，触痛明显(图2)。手术探查显示结节为脓肿，经培养生长出烟曲霉菌。给予局部0.15%二性霉素B和口服酮康唑治疗，4周后未见临床反应，给予伊曲康唑代替酮康唑以期提高体内药物渗透度，仍未见好转，以致1个月后行单纯巩膜扣带移除术。在之后4个月中尽管多次清创并连续局部应用二性霉素B及口服伊曲康唑，感染仍继续蔓延。后给予患者口服伏立康(voriconazole)200mg,2次/d，经过1周的治疗，患眼触痛消失，之后3个月，红眼症状逐渐好转(图3)。伏立康对内生镰刀菌眼内炎和淡紫拟青霉菌眼内炎有较好疗效，提示伏立康在今后眼部真菌感染的治疗中可能有更广泛的应用。
糖皮质激素可促进真菌生长，在真菌性巩膜炎或角巩膜炎治疗中禁用。
(二)预后
积极药物控制，可望保存有用视功能。