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询问病史结合病原学检查为主。通过脑脊液或病变组织涂片可见中性粒细胞数增加，湿片中可见活动的滋养体。也可取脑脊液、眼的排泄物、角膜刮取物或活检的病变角膜涂布在有大肠杆菌的琼脂平板上进行培养，一般3-7天可见滋养体或包囊。
血清学诊断可用间接血凝试验、间接荧光抗体试验等，但一般无法作出早期诊断。近年来也有人开始应用PCR技术检测病人分泌物中的阿米巴DNA或用DNA探针进行诊断。