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人的消化道有四层，它们分别是粘膜、粘膜下层、肌层和浆膜，通常间质瘤是发生在肌层的一种肿瘤。它与胃癌的起源不同，不可以简单地将其认定为癌症，但间质瘤仍属于潜在的恶性肿瘤，会对患者的消化系统产生一定影响，导致胃肠功能紊乱。
通常情况下，延迟诊断治疗此类肿瘤可导致十分严重的后果。间质瘤不仅会使患者出现出血、穿孔和梗阻的情况，随着时间的推移胃肠道间质肿瘤会逐渐变大，恶性程度也会随之越来越高。严重的间质瘤甚至可能出现全身性转移情况，其凶险程度有时比一般胃癌更为严重。
间质瘤的早期症状十分隐蔽，因此很容易被误诊。虽然胃部是间质瘤最常出现的部位，但并不代表间质瘤不会发生在消化道的其他部位。因此，发生在其他胃肠道部位的间质瘤长期以来被误认为是平滑肌肉瘤或平滑肌瘤，常与胃肠神经鞘瘤和胃道神经鞘瘤混淆。胃肠道间质瘤患者如不在早期进行治疗，错过了最佳治疗时机十分容易出现肝、腹部转移，危及生命。
但与其他消化道肿瘤不同的是，胃肠道间质瘤很难通过胃肠内镜检查发现，因为它们发生在深层粘膜的固有肌层中。在临床实践过程中，经常有一些患者发生了间质瘤转移但粘膜仍然完整的情况，这就是单纯进行胃镜检查导致间质瘤未被胃肠内镜发现的结果。虽然胃肠镜有时很难观察诊断出间质瘤，但间质瘤通常难以从CT上消失，故而CT诊断对间质瘤的判定具有一定的指导意义。
如果出现长期的腹痛、胃肠道长期不适、上腹部不适、胃肠道出血、大便异物感等症状时，患者应就医进行胃肠镜和CT检查以排除或确诊间质瘤。需要注意的是，无论间质瘤是否有恶变趋势，恶性程度如何，都应积极进行治疗。
