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预防：1、就地隔离避免接触。早期发现传染源，凡发现手足口征候的孩子，不要再送托儿所、幼儿园;隔离治疗,分开食宿，用具、玩具应分开;以免感染其他儿童。
2、把住病从口入关，防密切接触。EV71感染主要通过唾液、疱疹液、粪便污染的食物和物品密切接触传播，儿童和成人都可能感染。避免粪便、口鼻分泌物污染水与食物，彻底处理好孩子的粪便排泄物，尿布要洗净消毒再用，孩子的奶瓶、食具也要经常消毒。
3、养成卫生习惯。教育孩童、学生自幼养成卫生习惯，改掉吮手指的习惯，远离垃圾及不洁环境;养成游戏后、饭前、便后一定彻底洗手的习惯。大人感染后没有症状，成为隐性传染源，更危险。
4、强化环境卫生。对幼托机构的环境及玩具、公共游泳池等必须严格消毒。注意粪便无害化处理，绝不允许污染用水。
健全疫情报告制度。凡出现发热、感冒或呼吸道症状，或发现手足口疱疹皮疹病儿，应速去医院就诊。
注意卫生，远离病毒
目前肠病毒感染除了小儿麻痹病毒有疫苗外，其余肠病毒感染并无特殊治疗药物，故临床上对无并发症患者之治疗只能采取支持性疗法，而有并发其它症状的病患，因考虑到重症病例的急性恶化主要与心脏衰竭有关，故治疗准则建议避免给予大量静脉输液，应优先选择加强心脏输出功率与降脑压的药物。
对于即将来临之肠病毒流行高峰期(六～九月)，家中有15岁以下儿童之家长应提高警觉，做好预防措施，防治肠病毒必须由个人卫生及环境卫生着手，除了要养成良好的生活习惯，经常正确洗手，注意饮食及饮水必须煮熟及煮沸，尤其在流行期若饮用之水源为取自地下水更应注重消毒问题，对于肠病毒患者所接触过之物品及受病患排出之口鼻污染物、粪便所污染之器具，应避免直接接触且必须加以消毒以减少肠病毒之蔓延;患者应多补充水分、多休息、尽量减少外出以避免传染他人，家中若出现第二个受肠病毒感染之病患需特别注意，因其所接受之病毒量往往较高，严重程度可能提高;在环境卫生上，必须维持居家环境的通风与清洁，建立良好的下水道系统，肠病毒流行期间更应减少出入公共场所，如此才能减少肠病毒的伤害。
提高人体免疫力，抵抗病毒
病毒流行季节，除了要远离病毒外，加强自然免疫力以抵抗病毒也是必须的。这就要求我们适当增加新鲜蔬菜、水果的摄人量。同时，可以尽量选用含有某些抗病作用物质的食物，像大蒜、姜、绿茶、银耳、百合等。苹果能增加血液中白细胞的数量，猕猴桃富含大量的维生素C，梨、菠萝、西瓜、草莓、葡萄、香蕉等应季水果也都有益于我们的免疫系统。