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食管结核应与以下疾病进行鉴别：
1.食管癌 溃疡型食管结核病变易误诊为食管癌。食管病变本身引起的症状往往被其他器官结核症状所掩盖，直到病变引起食管狭窄，出现进行性吞咽困难时，又容易与食管癌相混淆，特别是40岁以上病人患有溃疡型食管结核，单凭食管X线钡餐造影检查，有时与食管癌的鉴别诊断可能存在一定困难。在遇到这样的病例时，内镜活检便能明确诊断。
食管癌病人一般无活动性肺结核病史，病人发病年龄多在50岁以上，常无发热，而以吞咽困难或胸骨后疼痛为主要表现。其病程进展较快，短期内体重明显减轻。X线检查可见管腔狭窄、管壁僵硬，有明显充盈缺损，周围黏膜破坏明显，可有龛影。食管脱落细胞学检查及内镜检查可确诊。食管结核的X线表现以溃疡大、充盈缺损少及管壁狭窄不严重为特征，病变与正常管壁分界不明显。如病人同时患有咽喉或肺结核，有结核中毒症状，有助于食管结核的诊断。
综上所述，食管结核与食管癌的鉴别诊断要点如下：
(1)食管结核多发生于青壮年，年龄较轻，低于45岁，女性多见;而恶性肿瘤发病多在50岁以上，男性多见。
(2)食管结核病人多有肺结核病史或结核接触史，胸部X线检查提示肺部有陈旧性结核或有活动性结核病灶。
(3)食管结核临床症状轻，由于结核性食管狭窄引起的吞咽困难进展较缓慢，呈非进行性吞咽困难，与食物性状无关，病程常较短，抗痨药物治疗有效;食管恶性肿瘤引起的吞咽困难及胸痛呈进行性加重，常在短时期内(3个月～半年)出现重度吞咽困难，且一般情况恶化快。其病程较长，常伴消瘦症状。 .
(4)食管结核皮肤结核菌素试验(PPD皮试)阳性、血清结核抗体阳性。
(5)X线钡剂造影检查：食管结核食管腔有充盈缺损和溃疡，或黏膜呈虫蚀样改变，管壁稍僵硬，纵隔淋巴结结核压迫食管所致充盈缺损，多呈弧形，局部黏膜平整，附近有软组织肿胀影或病变周围结核钙化影;而食管癌管壁不整，僵硬，黏膜明显破坏，充盈缺损明显且不规则。
(6)食管内镜检查：食管结核可见黏膜炎症、溃疡、结节、增厚、瘢痕或管腔狭窄等表现，活组织检查可明确诊断。纵隔淋巴结结核压迫食管者，食管内镜可见外压性改变，黏膜平整。侵透食管壁者可见类似食管结核样改变，需活检确诊。
2.食管平滑肌瘤 增生型病变偶尔误诊为食管平滑肌瘤。食管平滑肌瘤病人进行食管钡剂造影检查时可见边缘光滑的充盈缺损，上、下边界与正常食管分界清楚等典型的X线征象，结合病史，诊断多无困难。食管结核的管壁狭窄呈移行性，内镜检查也有助于鉴别诊断。
3.食管其他外压性病变 单凭食管钡剂造影检查很难鉴别食管受压的原因。食管CT扫描检查一般能确定食管受压的原因是食管周围淋巴结、纵隔肿瘤抑或是肺内肿瘤。如怀疑为胸内大血管畸形引起的吞咽困难，数字减影血管造影对诊断有重要意义。
4.食管消化性溃疡 食管消化性溃疡多发生在食管下段，病人多有食管裂孔疝及胃食管反流。食管钡剂造影检查时可见龛影多为单发，有时多发，呈圆形或椭圆形。龛影周围的食管可因痉挛或瘢痕收缩而出现不同程度的狭窄。食管结核多发生在食管中、上段，病变管腔多无痉挛性狭窄。
5.反流性食管炎 反流性食管炎具有典型的胸骨后疼痛及灼热感，多发于餐后。内镜检查可见病变局限于食管下段，并可发现胃食管反流，黏膜活检可资鉴别。
6.食管静脉曲张 食管静脉曲张应与增殖型食管结核鉴别。前者多有肝硬化与门脉高压病史;食管钡剂造影检查见食管黏膜皱襞粗、迂曲不规则，呈蚯蚓状，较少引起管腔狭窄，无溃疡发生。CT强化扫描可见食管黏膜下迂曲的静脉。必要时可行食管内镜检查。