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本病临床表现有很大的个体差异性，视RVT发生的缓急和轻重而异。肾静脉急性完全性血栓形成，以小儿多见，因没有充足的侧支循环形成,临床表现为寒战、发热、剧烈腰肋痛及腹痛、肋脊角明显的压痛、肾区叩痛，血白细胞升高、血尿和病肾的功能丧失。影像学可发现肾肿大。如双侧肾静脉均发生血栓形成，或原先有一侧肾已没有功能，而另一侧肾静脉血栓形成，则可发生少尿和急性肾衰。在肾病综合征、妊娠、口服避孕药等病人，通常病人年龄较轻,常因不明原因的急性或急进性的肾功能恶化，伴蛋白尿和血尿进行性加重，而引起怀疑并进一步检查才被发现RVT。在年纪较大的人中，如果血栓形成较慢，侧支循环已充分建立，肾功能受损则不大。临床可仅表现为多次发生肺栓塞或身体其他部位的栓塞。有些病人可发生高血压、下肢水肿。所有RVT病人，如果下腔静脉受累，均可发生下腔静脉阻塞综合征，发生下肢水肿和腹壁的静脉侧支循环形成。在肾静脉血栓形成中最严重的并发症为肺栓塞，约有一半的慢性肾静脉血栓形成者有肺栓塞，且常为首发症状。
肾病综合征病人由于血液是高凝状态的，故可发生血栓形成，其临床表现也有很大的个体差异性。RVT可没有特别的临床表现，亦可有某些临床症状如发热(17%)、急性腰痛(10%～64%)和肾区压痛和叩痛、突然发生血尿(74%)、血肌酐升高，B超检查发现肾脏增大(43%)。在肾病综合征病人发现这些症状时，应注意RVT的可能性。但大部分(75%)RVT是没有典型的临床表现(慢性型或亚临床型)，与肾病综合征病情波动也没有明显的关系。故对这些RVT则很难做出诊断。
肾静脉血栓临床诊断有一定困难，漏诊率高，医师必须提高警惕性。具有肾静脉血栓致病因素的病人，凡有下述情况者，应行进一步辅助检查，以明确诊断：
1.突然出现剧烈腰痛。
2.难以解释的血尿增多。
3.难以解释的尿蛋白增加。
4.难以解释的肾功能急剧下降。
5.不对称的下肢水肿。
6.肾病综合征病人出现顽固性的激素抵抗。
7.肾病综合征病人出现肺栓塞或其他部位栓塞。
再加实验室检查和影像学检查符合本病特点，可对肾静脉血栓做出诊断。
