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神经系统先天性疾病是先天性疾病中危害很大的疾病，主要是神经系统受到刺激病变引起的功能障碍，怀孕期的时候要对疾病进行预防，患者就要找到引起疾病的原因，那么神经系统先天性疾病是由哪些原因引起呢?
病因尚不完全清楚，可能为胎儿早期特别是胚胎发育期前3个月胎儿受到致畸因素的影响。神经系统先天性疾病按病因主要分为两类。
一类是子宫内脑和神经系统发育障碍，部分神经元的产生移行和组织异常，导致出生后颅骨、神经组织及覆盖被膜畸形和精神发育迟滞，主要原因可能为遗传性，也有部分环境因素影响胚胎或胎儿。
另一类是胎儿分娩时产伤窒息所致，由于头部遭受过度挤压或较长时间缺氧导致脑组织损伤和发育异常，最终伴随幼儿一生的是受损伤结构及功能不良的脑，需要终身接受启智和功能矫正治疗。此外，先天性因素有时不易与后天性病因如产伤、窒息及新生儿期代谢紊乱鉴别，但已有先天性缺陷的胎儿更易受到产期或产后期不良环境因素的影响。
胚胎期特别是妊娠前3个月神经系统处于发育旺盛期，胎儿易受到母体内外环境各种致病因素侵袭导致发病症状，可出现于出生时或在出生后神经系统发育过程中逐渐出现本组疾病。与遗传性疾病的区别是病因更多为自身或环境性因素，而后者是由遗传基因决定。
引起神经系统先天性疾病的原因是很多的，患上疾病后会出现很多身体症状，如颅骨和脊柱畸形、神经组织发育缺陷等，怀孕期很难诊断出疾病，因此胎儿出生后能观察到婴儿明显的异常症状，只要患者到医院检查就可确诊疾病。