阴茎龟头橡皮肿应与软下疳和包皮炎相互鉴别。
软下疳：软下疳(chancroid)又称第3性病，是经典性病之一，由杜克雷嗜血杆菌引起，主要通过性接触传播。本病以1个或多个生殖器疼痛性溃疡为特征，常伴有腹股沟淋巴结化脓性病变。
包皮炎：是一种发病率最高的龟头包皮疾病。患者几乎都有包茎或包皮过长。在龟头和过长的包皮之间，由于脱落的上皮细胞、腺体分泌和包皮垢杆菌形成一个温热、潮湿的细菌培养基，一旦细菌进入即可引起炎症。
根据发病前的性接触史，尤其是不洁性交史，典型的临床表现和经过，较短的潜伏期后发生软而扁的丘疹、脓疱、溃疡，单侧性的化脓性淋巴结炎，直接镜检和培养检出杜克雷嗜血杆菌，PCR检测杜克雷嗜血杆菌DNA，即可作出诊断。