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病毒性脑炎是发生于大脑的炎症，与病毒感染有密切的关系，而克雅病为最常见的传染性海绵状脑病，属于神经系统功能障碍。因此，在临床上经常会遇到需要将二者进行差异性辨别的情况，那么怎样才能具体区分病毒性脑炎与克雅病呢？
第一，二者的主要致病机理不同，病毒性脑炎的发生原因与病毒、原虫、细菌和寄生虫等多种因素相关，它属于一种位于脑组织的炎症。然而克雅病发病的机理则是由于各种生物、化学以及物理等刺激因素作用于人体之后，导致正常朊蛋白结构改变形成了异常朊蛋白，从而使其在大脑进一步积聚，最终影响了神经系统的正常功能。
第二，临床表现不同，病毒性脑炎常表现出头疼、伴有发热、后期间歇性抽搐、意识出现障碍以及伴随其它脑膜刺激症状等。克雅病在临床上初期一般显示为记忆力衰退和注意力容易分散等方面，发展至中期时可能会出现肌肉阵发性痉挛、进行性痴呆以及间歇性癫痫发生，后期肌阵挛发作减少、去皮层强直、有昏迷情况发生，会因感染等并发症死亡；
第三，损害的部位不同，病毒性脑炎可造成中枢神经系统的局灶性损害，并会对脑膜产生病毒性感染，形成脑膜炎，另外常留有较为严重的后遗症。克雅病所造成的损害一般位于神经细胞内部，使其出现缺失以及变性，胶质细胞和星形胶质细胞异常的增多以及淀粉样斑块形成等。
以上三个方面对病毒性脑炎和克雅病进行了详细的区分，分别包括：主要致病机理、临床表现状况和对机体损害，根据相应不同可对两者进行初步辨别。简单的讲，病毒性脑炎是由感染造成的神经炎症，而后者则是神经细胞以及组织自身的性质改变。
