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肠结核的治疗概要：肠结核注意休息和营养，适当补充维生素和钙剂。早期采用抗结核药物治疗，注意联合、正规用药。小肠结核应切除病变肠段作端端肠吻合术。手术治疗后都要继续行抗结核及全身支持治疗。
肠结核的详细治疗：1.一般治疗：注意休息和营养，活动性肠结核患者应卧床休息，适当补充维生素和钙剂，积极改善营养，加强患者抵抗力，是治疗的基础。消瘦、显著营养不良和胃肠道症状妨碍进食者，宜予以完全肠外营养疗法补充营养。对有失水、电解质与酸碱平衡失调者，应静脉输注葡萄糖、生理盐水等晶体溶液加以纠正。对不完全性肠梗阻者须进行胃肠减压和静脉补充液体。
2.药物治疗：明确诊断后早期采用抗结核药物治疗，注意联合、正规用药。治疗时间一般持续1年以上有时可长达1年半。必要时进行手术治疗。
可供选用的药物根据其作用部位可分为对结核菌在细胞(吞噬细胞)内和细胞外作用相仿的药物：异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)等;细胞外作用大于细胞内者有链霉素(SM)和卡拉霉素;细胞内作用强于细胞外者有吡嗪酰胺(PZA)。
2.1.初治患者，特别有明显结核中毒症状者可采用2—3种药物联合治疗，治疗方案INH300～600mg/d，1次顿服或加入葡萄糖注射液40 ml静注，利福平450～600mg/d，1次顿服，链霉素0.75～lg肌注，连续肌注2～3个月，待病情好转，中毒症状消失，然后保留异烟肼、利福平加用乙胺丁醇500～750mg/d或吡嗪酰胺1.5～2g/d分3～4次服或异烟肼+乙胺丁醇+吡嗪酰胺，疗程共达1～l.5年。
2.2.复治患者或疗效欠佳者，说明有继发性或原发性耐药，需改用第二线药物，可用异烟肼+利福平(每日450～600mg)+吡嗪酰胺，或异烟肼+乙胺丁醇(每日750一l 000mg)+吡嗪酰胺，或利福平+卡那霉素，疗程为6个月，以后可采用间歇疗法延续1年。应用异烟肼+利福平时，在治疗中，需注意监测肝功能的变化，如出现肝功能损害，应立即停药。
2.3.一般对肠结核活动期或初治患者，可采用连续抗结核治疗半年后，再改用间歇疗法1.5～2年，以保持足够的疗程而达到治疗的目的。
3.手术治疗：
3.1.完全性肠梗阻或慢性肠梗阻经内科治疗无效;
3.3.肠道大出血经积极保守治疗无效者。
3.4.增殖性肠结核需部分切除者;
3.5.与腹腔肿瘤鉴别困难者。
3.6.一般手术治疗的原则是：
3.6.1.小肠结核应切除病变肠段作端端肠吻合术。如为多发性病变，可作分段切除吻合，但应避免作广泛切除，以保留足够长度的小肠。
3.6.2.回盲部结核应作右半结肠切除及回肠结肠端端吻合术。如病变固定切除有困难，可在病变肠段的近侧切断回肠，将远断端缝闭合，近断端与横结肠作端侧吻合，以解除梗阻，待以后二期手术切除病变肠袢。但应避免施行单纯回肠横结肠侧侧吻合的短路手术，因为这时部分肠内容物仍可通过，使病变不能完全处于静息状态，而且梗阻症状也不能完全解除。
3.6.3.急性肠穿孔时须急诊剖腹，并根据病人全身和局部情况，进行病变肠切除术或腹腔引流术。慢性肠穿孔形成的局限性脓肿，其周围多有紧密粘连，宜行脓腔切开引流术，待病情好转，形成瘘管后再进一步处理。
3.6.4.肠外瘘应根据病变部位，按一般治疗肠瘘的原则，维持水、电解质平衡及营养状况，更换敷料时要保护瘘口周围皮肤，最后多需切除病变肠段才能治愈。
在肠结核手术治疗中，对病变周围粘连紧密、包裹成团的肠管，如果没有梗阻存在，不要进行广泛分离，以免损伤肠壁造成更严重的粘连、梗阻甚至肠瘘。此外，手术治疗后都要继续行抗结核及全身支持治疗。