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本病全年散发，以夏秋季为多。起病可缓可急，病程由数小时以至20余年不等。腹泻为主要症状，稀糊便，可有黏液但脓血便少见。每天数次至十余次。伴恶心呕吐、腹痛腹胀、食欲减退等。约1/5患者有中至低度发热，高热罕见。少数患者表现为腹泻、便秘交替。人毛滴虫寄生在胆道时可引起右上腹阵发性疼痛，恶心呕吐、发热及白细胞计数增高等。肠滴虫病应与引起腹泻的其他疾病相鉴别，胆道寄生时则应与细菌性胆道感染相区别。
粪便和胆汁中查找虫体是确诊的依据。