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临床表现依肿瘤的病理类型、生长部位、大小和与邻近组织器官的关系而有不同的表现。症状复杂多样且无特征性，肿瘤较小时无症状，多在因其他疾病开腹时偶尔发现。肠系膜囊肿多见于儿童，而肿瘤不论良性或恶性多见于成人。肿瘤发展到相当程度时才出现症状，常见的症状有：
1.腹块 是最早也是最常见的症状，肿块可为囊性，也可为实质性，若其质较硬，表面不光滑呈结节状并有压痛，常提示为恶性肿瘤。
2.腹痛 多为胀痛不适，是由于肿块牵拉腹膜或挤压腹内脏器所致。若肿瘤出血或自发性破裂可引起急性腹膜炎而引起剧痛。
3.发热 多见于恶性肿瘤。许多淋巴肉瘤患者的首发症状就是不明原因的发热。高度恶性的软组织肉瘤，部分坏死后继发感染以及肿瘤毒素反应等均可导致不规则发热或低热。
4.便血 表示恶性肿瘤已侵犯肠管引起肠道内出血。
5.其他 如食欲不振、消瘦、贫血、乏力等一些恶性肿瘤全身反应的表现。
另外，肿瘤还可压迫膀胱输尿管而致肾盂积水，表现为腰酸、胀痛不适或尿频，也可压迫下腔静脉或髂静脉致腹水、腹壁静脉曲张、下肢水肿等。少数原发性肠系膜恶性肿瘤以转移灶的表现为其首发症状，如转移到肺则有胸闷、胸痛;转移到脑则有头痛、头晕等。体检时应注意肿块的位置、质地、结节及活动度，以便确定肿块是否位于肠系膜及其性质。一般肠系膜肿瘤活动度较大，且左右活动度大于上下活动度，有研究将肿块的横向活动性作为肠系膜肿瘤的一大特点。但触诊肿块活动与否并无助于鉴别肿瘤的良恶性。生长于肠系膜边缘的恶性肿瘤，如未发生粘连浸润，其活动度较大，反之位于肠系膜根部的良性肿瘤，如体积较大或继发感染引起粘连，触诊时可较固定。所以肿块活动性大小主要取决于肿瘤的生长部位。
肠系膜肿瘤有一部分表现为急腹症症状和体征，有人主张将肠系膜肿瘤分为潜在型、腹块型和急腹症型。由于肠系膜肿瘤瘤体牵拉可引起急性肠扭转，继发感染，破溃的瘤体可致腹膜炎，浸润肠管可致肠穿孔、出血等，文献报道有并发肠梗阻、肠扭转、肠套叠、肠穿孔、破溃致腹膜炎、继发感染和消化道出血者等。另外，乙状结肠系膜囊肿、回肠系膜囊肿、肠系膜根部巨大囊肿同解剖部位相近或因肿瘤自身重量下坠粘连固定于盆腔或因巨大肿瘤向下延伸，易使肠系膜囊肿误诊为卵巢囊肿，当囊肿继发感染时易使人联想到卵巢囊肿蒂扭转，文献报道肠系膜囊肿误诊为卵巢囊肿者达19%。同时，也有文献报道肠系膜肿瘤误诊为急性阑尾炎或阑尾周围脓肿者。
临床上遇到无症状的或伴腹部出现横向活动性肿块伴有局部隐痛或胀痛或肠梗阻，影像学检查显示为与肠管关系密切的外在性肿物应考虑有肠系膜肿瘤的可能。可以选择小肠造影、B超及穿刺细胞学等检查来确定诊断。但由于本病少见，起病隐匿，且缺乏特异性的症状及体征，给本病的诊治带来了一定困难，尽管影像学的发展为其诊断提供了客观依据，但诊断符合率仍低于30%。近年来腹腔镜较多地应用于临床，进一步提高肠系膜肿瘤的确诊率。对于成人患者，如病程较短且伴有食欲减退、消瘦、乏力等病史，肿块较硬，表面不平并有明显压痛，且移动性较差者，应多考虑为恶性肿瘤。须及时果断的剖腹探查并取活检以明确诊断，以免贻误治疗时机，影响预后。