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1.病原学检查 痰、纤支镜刷检、灌洗液真菌培养4周以上，菌丝相转为酵母相，可见其特征性的齿轮状孢子。
病理学检查旨在发现病原菌，可用银染色、PAS染色等特殊染色，若在巨噬细胞或白细胞中发现似有荚膜的酵母菌有确诊价值。采用免疫组化能准确鉴别菌种。播散型病例骨髓、淋巴结、分泌物和活检组织培养常阳性。
2.组织胞浆菌素皮试 意义和方法与PPD(结核菌素纯蛋白衍生物)皮试相似，皮试后48～72h观察结果，以红肿硬结≥5mm为阳性。皮试阳性揭示曾受过或正在受组织胞浆菌感染，对于非流行区病人有一定诊断价值，一般感染后2～3周皮试出现阳性，可维持数年。皮试阴性也不能排除诊断。故主要用于流行病学调查。
3.血清学试验 现有的血清学抗体检测特异性不高，免疫功能抑制者可呈假阳性，仅能提示诊断。
补体结合试验(CFT)是临床诊断的主要依据，一般认为，效价≥1∶16或近期升高4倍以上高度提示有活动性病变。免疫扩散试验(ID)，特异性高于CFT，出现“H”或。“M”沉淀带为阳性，前者常提示活动性感染。
酶联免疫吸附试验(ELISA)以效价≥1∶16为阳性。近年开展的组织胞浆菌糖原抗原(HAP)检测，阳性揭示活动性感染，可提供早期诊断依据。对免疫缺陷的患者更具有诊断价值。