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急性腹膜炎或腹腔内脏器的炎性疾病经治疗好转后，或腹部手术数日后出现发热、腹痛的患者，都应考虑到腹腔脓肿的可能，并需进一步检查。
膈下脓肿：腹部X线片和胃肠钡餐检查有助于确定脓肿的部位，膈下可见占位阴影。因10%～25%的脓腔内含有气体，故可见气液平面。病人取立位，从前后和侧位拍片，可发现病侧之横膈运动消失或减弱，示有膈下感染，但不一定积脓。还可发现患侧膈肌抬高，并随呼吸运动受限或消失，肋膈角模糊、消失。肺野模糊，表示有胸膜反应、反应性胸腔积液、肺下叶部分不张、肺实质变化。脓肿含气时可出现气液平面，约10%的膈下脓肿有产气菌的感染，及胃、十二指肠穿孔之气体。左膈下脓肿，胃底可因受压下降移位。B超检查或者CT检查对膈下脓肿的诊断及鉴别诊断有较大意义。B超检查可明确显示脓腔的大小，部位、深浅度，特别是在B超引导下进行诊断性穿刺，不仅可以帮助定性诊断，并且对于较小的脓肿可在吸尽脓液后注入抗生素进行治疗。但需要注意的是，穿刺阴性的患者并不能排除脓肿的可能。
盆腔脓肿：已婚妇女尚可经阴道做盆腔检查，以鉴别为盆腔炎性肿块还是脓肿。如果是盆腔炎性肿块或脓肿，可在排空膀胱后经直肠或阴道后穹窿穿刺抽脓，有助于诊断。腹部B超或直肠B超检查可帮助明确脓肿的诊断、脓肿的大小及位置等，必要时可做CT检查，帮助进一步明确诊断。
肠间脓肿：腹部X线检查可发现肠壁间距增宽及局部肠袢积气B型超声波，尤其是电子计算机断层扫描(CT)可确定脓肿的部位及范围。
诊断性穿刺：穿刺的确可以使炎症沿针道播散，如穿刺经肋膈角可以致胸腔感染，所以有些外科医生宁愿行探查性切开，我们认为在病情重而诊断又不肯定时，可在X线或B超定位引导下穿刺，若抽出脓汁则立即切开引流。实际上膈下脓肿存在时，其肋膈角大部已有粘连故穿刺引起脓胸之机会不大。
