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中医诊断：
一、诊断：
1.有肛痈病史。
3.皮下有条状硬索(即管道)由外口通向肛内，并在齿线相应部有内口。
4.只有一个外口，一个内口，一条管道，且管道位于肛管直肠环以下，为低位单纯性肛瘘。
5.具有两条以上管道，位于肛管直肠环以下，且外口或内口有两个以上，为低位复杂件肛瘘(包括多发性肛瘘)。
二、辨证：
本病总属虚实夹杂，本虚标实。因此辨证首当明辨虚实，标本之主次。初期表现为脓肿症状，又以全身症状为主，即标实为主，当辨热的偏盛，后期则重在局部，特别是复杂性及结核性肛瘘，因病久者多以正虚为主。须辨阳虚阴虚之各异。
1.湿热下注：
证候：肛周常流脓液，脓质稠厚，肛门胀痛，局部灼热。肛周有溃口，按之有条索状物通向肛内。舌红，苔黄，脉弦或滑。辨析：①辨证：本证多见肛瘘早期，以肛门经常流脓水，胀痛，局部灼热，舌红，苔黄，脉弦为辨证要点。②病机：湿热下注肛门郁久不散，久则化热，热盛而肉腐，肉腐成脓则肛门经常流脓水，气血运行不利则肛门胀痛不适。
2.正虚邪恋：
证候：肛门流脓液，质地稀薄，肛门隐隐作痛，外口皮色暗淡，瘘口时溃时愈，肛周有溃口，按之较硬，或有脓液从溃口流出，且多有索条状物通向肛内，可伴有神疲乏力。舌淡，苔薄，脉濡。辨析：①辨证：本证主要见于肛瘘晚期，由于病久，正气已虚，肛门流脓液时有时无，质地稀薄，外口皮色暗淡。舌淡，苔薄，脉濡为其辨证要点。②病机：脾虚运化失常，则湿热内生，下注大肠，故肛门隐隐作痛，时有脓水流出，气虚则神疲乏力，瘘口时溃时愈。
3.阴液亏虚：
证候：肛周有溃口，颜色淡红，按之有条索状物通向肛内，可伴有潮热盗汗，心烦口干。舌红，少苔，脉细数。辨析：①辨证：本证主见于结核性肛瘘。肛门流脓液清稀，溃口颜色淡，潮热盗汗。舌红，少苔是其辨证要点。②病机：素体阴虚，复加外邪不解，郁久化热，伤及津液则潮热盗汗，心烦口干。肛周溃口颜色淡红均属阴液亏虚之象
西医诊断标准：1.低位肛瘘：①低位单纯性肛瘘：只有一条瘘管在外括约肌深层以下，内口在肛窦，外口在肛周皮肤上。②低位复杂性肛瘘：瘘管在外括约深层以下，内外口和瘘管有两个以上。
2.高位肛瘘：①高位单纯性肛瘘：仅有一条瘘管，穿过外括约肌深层以上，内口位于肛窦处。②高位复杂性肛瘘：有两个以上内外口及瘘管，或有分支死腔，瘘管通过外括约肌深层以上。
西医鉴别诊断：1.肛门周围化脓性疾病：形成皮下多发复杂窦道，病变在肛门皮肤和皮下层，可见汗腺，毛囊有化脓性炎症，皮肤呈暗褐色大面积慢性炎症，切开排脓可加速愈合，如有肛瘘常常瘘道不深。
2.骶尾部瘘：此病常因臀部损伤，毛囊感染，在骶尾部生成脓肿，以后形成瘘管，瘘口常在臀部上端，骶尾关节附近，管道在骶尾筋膜深部和皮下组织蔓延扩散，无内口。
3.骶尾部畸胎瘤：此病为胚胎发育异常的先天性疾病，多为青壮年时期发病，肛门后尾骨前有外口，管道向直肠后骶前走行，常无内口。肛门指诊常可触及骶前有肿物或饱满样感觉，钡灌肠侧面片可见直肠骶骨间隙增宽，直肠有半园形充盈缺损或压迹，手术可见腔内有毛发、牙齿、骨质。如为皮样囊肿，分单房性、双房性，有时可见内有粘液。
4.骶髂骨结核：此病系骶髂骨结核，形成寒性脓疡，常在肛门后破溃，流出稀薄脓汁，管道较深，通向直肠后间隙。腰疼、血沉快，长期低烧、消瘦。骨平片可见骨质破坏，有的时候骶骨结核病变小，容易被误诊为复杂性肛瘘。
中医类证鉴别：1.坐板疮：位于皮肤及皮下组织，病变范围较广泛，呈弥漫性或结节状，局部
常隆起，皮肤常有许多窦道溃口，不与直肠相通。
2.尿道瘘：常有外伤史和尿道狭窄，位于会阴尿道三角，有瘘管与皮肤相通，排尿时有尿自瘘口流出，直肠内无内口。
3.先天瘘：由骶尾部囊肿化脓破溃形成，原发外口常在臀沟中点、尾骨尖附近，瘘内可见毛发，由胚胎发生。
4.骶骨前瘘：瘘管位于骶骨凹内，由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成，瘘口常在尾骨尖两侧，并与尾骨尖平齐，瘘管与直肠平行，支管成“丫”形。
