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1.毛霉目感染 毛霉目感染发病急、进展快、死亡率高。临床特点是很快出现发热、组织坏死。不同的临床类型常与患者的基础疾病有关。该病的预后与基础疾病、感染类型及是否得到早期诊断和治疗有关。多见于糖尿病、饥饿、重度烧伤、静脉注射毒品和其他疾病如白血病、淋巴瘤、使用细胞毒药物或皮质类固醇激素等免疫抑制性治疗、使用去铁胺(一种铁螯合剂用于治疗铁过多)治疗和严重外伤。HIV阳性患者合并感染的发病率逐渐上升。
(1)鼻脑接合菌病：病原菌包括米根霉(最常见)、伞枝犁头霉、巴西果小克银汉霉、脉管状瓶霉、雅致节壶霉和拉曼毛霉。早期与慢性鼻炎相似，如鼻塞、头痛等。而后，鼻腔可流出暗红血性分泌物，鼻腔、鼻窦内可形成坏死性肉芽肿。侵犯眼部可引起眼睑水肿、眼肌麻痹、眼球突出、瞳孔固定、视力下降以至失明。一旦侵入颅内可迅速出现脑膜炎、脑炎等相应症状，脑神经往往受累，特别是Ⅴ、Ⅶ颅神经功能障碍。可出现面部疼痛、瘫痪等症状，随着病情进展，病原菌侵入较大的脑血管，引起栓塞和坏死，晚期患者可出现颅内高压及脑疝，多数导致死亡。
(2)肺接合菌病：病原菌包括米根霉(最常见)、伞枝犁头霉、巴西果小克银汉霉、微小毛霉、希伯来根霉(R.schipperae)、指示毛霉。因病原菌经呼吸道侵入肺所致，少数因吸入鼻脑接合菌分泌物继发。常见持续发热和迅速进行性肺部浸润。大多表现为非特异性支气管肺炎。当侵入肺动脉产生血栓和坏死时，出现胸痛、咳血痰和大咯血。肺部X线征象形态不一，可呈结节状、空洞、多数小斑片，也可为一般肺炎样改变，伴胸膜反应、胸腔积液等。本型多同时合并其他脏器毛霉感染，故其病程短，发展快，死亡率高达80%～90%。
(3)消化道接合菌病：病原菌包括伞枝犁头霉(最常见)、米根霉、无接合孢子根霉(R.azygosporus)、小孢根霉足根变种、指示毛霉。病变以胃、十二指肠为最多，约占该型的95%以上，慢性消化道溃疡是重要基础疾病。男女比例为10∶1，年龄21～70岁，病程4个月至30年，最常见症状是上腹疼痛，可伴恶心、呕吐等症状。继发于溃疡者，其腹痛规律、程度、频率均发生改变，按溃疡治疗效果不佳。胃镜检查可见巨大溃疡直径在3～5cm之间，表面覆以厚层污苔。钡餐显示巨大溃疡龛影，胃蠕动差，与胃癌鉴别十分困难，故胃毛霉病术前确诊率很低。
(4)皮肤接合菌病：病原菌包括小孢根霉足根变种、米根霉、微小根毛霉(最常见)、伞枝犁头霉、巴西果小克银汉霉、雅致节壶霉、脉管状瓶霉、小孢根霉小孢变种、小孢根霉少孢变种、卷枝毛霉、冻土毛霉、拉曼毛霉和总状共头霉。原发感染常由外伤、手术等引起，损害形态多样，有红斑、丘疹、斑块、脓疱、溃疡、坏死等。病程2个月～24年，一般不经血播散，预后较好。继发性感染多来自鼻、脑、肺或其他部位毛霉的播散，开始皮损为痛或不痛红斑、结节，逐渐扩大，以后中央出现溃疡、焦痂和干性坏死，周边呈灰白色，最外围是水肿性红斑，并逐渐向外扩展。病程短，预后差。
(5)新生儿接合菌病：视感染部位而不同，侵犯肠道可有呕吐、腹胀、血便等。若脑、肺、肝等受侵则出现反应差、呼吸困难、黄疸等相应部位非特异症状。由脐部创面而致肝坏死是新生儿感染的特点。因其常多个脏器受累，临床无特异症状，难与其他严重感染性疾病区别，病死率极高。
(6)其他：毛霉还可侵犯肾和子宫。
2.虫霉目所致感染 多为慢性炎症性或肉芽肿性疾病。
林蛙粪霉感染通常局限于下肢、胸、背或臀的皮下组织，主要见于男性儿童。开始损害表现为皮下结节，继而扩大、变硬、硬结化、无痛性肿胀，可在受累肌肉上自由移动但附着于皮肤，无溃疡但有色素沉着。系统性损害罕见，包括溃疡致患者硬腭穿透、胃肠道和肌肉感染。
耳霉感染主要局限于鼻黏膜下层，特征为息肉或明显可触及的局限性肉芽肿。多见于成年男性(80%病例)。感染通常始于鼻黏膜单侧，症状包括鼻塞、分泌物多和鼻窦区痛。在鼻或鼻周围区形成皮下结节，可导致广泛的面部肿胀。已描述的临床亚型包括肺部和系统感染。
感染早期诊断是成功治疗的关键。仅鼻脑感染临床特征较显著，故诊断主要依据真菌学检查及组织病理检查。该类菌为常见腐生菌，若从坏死组织、痰或支气管肺泡灌洗液中培养分离出毛霉应慎重考虑。但如果患者为糖尿病或免疫抑制患者，则培养阳性对诊断十分重要。