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诸如单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等都可引起相似的视网膜病变、其他病原体感染(如弓形虫、真菌感染)、一些其他类型的葡萄膜炎和非炎症性疾病也可表现出视网膜炎，在鉴别诊断时都应考虑在内。根据不同疾病的临床表现、适当的培养和血清学检查可以将这些疾病与CMV性视网膜炎区别开来。
水痘-带状疱疹病毒所致的急性视网膜坏死综合征在初期通常伴有明显的葡萄膜炎和玻璃体混浊;坏死病灶通常起始于周边视网膜，并波及整个周边部视网膜，随后向后极部推进，从后极部开始发病者非常罕见;患者通常有明显的视网膜血管炎，以动脉炎为主;后期易发生视网膜脱离。这些特点都有助于与CMV性视网膜炎相区别。
弓形虫病所致的视网膜炎病变通常呈黄白色，活动性病灶边界不清，常出现于陈旧性视网膜脉络膜瘢痕的周围，形成所谓的“卫星”病灶。玻璃体通常有明显的炎症体征，很少伴有视网膜出血，偶然在眼前段出现明显的炎症体征。可出现沿着视网膜血管的炎症细胞沉积。弓形虫视网膜炎通常不伴有全身疾病，并且常发生于免疫功能正常的个体。
真菌性视网膜炎典型地表现为单一的或多发性的绒毛状的、分散的视网膜损害，并伸向玻璃体腔，视网膜和玻璃体的病变呈黄白色，中心致密有绒毛状外观，位于视网膜或接近视网膜的玻璃体内可以形成脓肿，沿着血管可看到炎症性沉积物。内源性的念珠菌眼部感染常见于体质虚弱者，中心静脉留置营养导管者、使用糖皮质激素或免疫抑制药者以及滥用静脉内注射药物等患者均易于发生此病。