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卡氏肺囊虫肺炎的病死亡率高，但早期治疗反应较好，多数可以得到恢复，故关键在于早期诊断和治疗。下面是一些关于卡氏肺囊虫肺炎的治疗措施。
1.一般治疗
患者应卧床休息，增加营养，纠正水电解质紊乱。纠正缺氧，经鼻或面罩给氧，FiO2<50%时，动脉血氧分压在9.32kPa（70mmHg)以上，严重缺氧者则采用辅助通气或体外膜氧。尽量减少免疫抑制剂的应用，但对严重弥漫性病变者，尤其是AIDS 患者则应短期使用糖皮质激素 如泼尼松龙40mg，6h 1 次，连用7 天。
2.病因治疗
（1） 磺胺甲恶唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲异恶唑）：是目前较为理想的治疗药物，初治有效率为77%。一般剂量甲氧苄啶（TMP）每天20mg/kg，磺胺甲恶唑（SMZ）每天100mg/kg，静脉注射或分4 次口服。病情严重者用静脉注射，7～10 天病情好转可改用口服，疗程至少14 天。副作用包括皮疹、转氨酶升高，中性粒细胞减少，血肌酐升高等，AIDS 病人半数以上可出现副反应。
（2）喷他脒(Pentamidine)：对肺孢子虫有致死作用，但副反应发生率可达50%。剂量为4mg/kg，肌注,1 次/d，疗程14 天。初治有效率为70%，复治有效率为50%。缺点是毒副反应大，主要为肾性、低血糖、直立性低血压、白细胞和血小板减少、恶心呕吐及肌注部位疼痛和脓肿等。目前主张常规药物不能耐受和无效时用，仍可取得一定疗效。有报道用喷他脒吸入治疗，40mg/kg,1 次/d，取得较满意疗效。AIDS 患者，应用磺胺甲恶唑/甲氧苄啶（TMP-SMZ）或喷他脒疗程要长，3 周或更长。初期疗效同非AIDS 患者相似，但药物副作用的发生率和严重性更明显，复发率也高，可达50%。对TMP-SMAK 或喷他脒过敏或治疗失败者，可用下列药物：①氨苯砜(Dapsone)加甲氧苄啶（TMP），前者每天100mg，后者每天200mg/kg，分4 次口服；②二氟甲基乌氨酸（DFMO，eflomithine)，每天100mg/kg 静脉滴注或75mg/kg 口服，每6 小时1 次；③克林霉素加伯氨喹，均为每次450mg，3 次/d，口服。
作病原治疗。以前常用戊烷脒（pentamidine isothionate）100～150mg/（m2·d）或4～5mg/（kg·d），肌注10～14天。亦可气雾吸入，早期应用此药，至少60%患儿可以治愈，但约半数患儿可出现较重的不良副作用如局部发生无菌性脓肿、皮疹、低血压、恶心、呕吐、眩晕、低血糖、低血钙、巨幼红细胞性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少及肝肾功能损害等。目前，首选药物为甲氧苄胺嘧啶（TMP）20mg/（kg·d）加磺胺甲基异恶唑（SMZ）100mg/（kg·d），分2次服，连服2周，其疗效与戊烷脒相仿，但不良副作用远较少见，表现为皮肤过敏与胃肠道反应。亦有主张SMZCo100mg/（kg·d）2周，后减为半量再用二周，后再减为1/4量连用2月，有效率达75%，此药可作为化学预防剂，在应用免疫抑制剂的高危患儿中预防此病，其剂量为TMP5mg/（kg·d）和SMZ25mg/（kg·d），皆分2次口服或每周连服3天，停4天，连用6个月。
支持疗法包括肌注丙种球蛋白或胎盘球蛋白，可以增强免疫力。必要时吸氧。如在应用肾上腺皮质激素的过程中发生此病，则需减量或停药。为预防此病在高危患儿中交叉感染，最近主张执行呼吸道隔离，直至治疗结束。
希望通过以上的了解，患者能更加清楚的了解卡氏肺囊虫肺炎的治疗措施，及早治疗。