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临床上需要与大骨节病鉴别的疾病主要有两类，一类是引起关节粗大、疼痛的疾病;一类是引起软骨内成骨障碍、短肢畸形、身材矮小的疾病。鉴别时主要应掌握各自疾病的特征，以及大骨节病有地区性等特点。
1.退行性骨关节病(骨关节炎、增生性关节炎、肥大性关节炎) 其与晚期大骨节病的相同之处是有关节软骨的退行性变和破坏脱落，发生关节疼痛、僵硬、关节粗大、活动受限制。和大骨节病不同之处在于：①多发生于40岁以后的成人，青年人少见，几乎不见于儿童;②无短指(趾)、短肢畸形;③关节受累为非对称性;④肌肉萎缩不甚明显。
2.类风湿关节炎 好发生于青少年，开始多累及手指小关节，有多发、对称的指关节肿大、疼痛等方面与大骨节病有些类似。明显不同点是：①受累关节周围软组织有肿、热等炎症表现，关节肿胀呈纺锤形，关节腔有渗液;②重症病例关节最终常出现纤维性粘连、纤维化强直和骨性强直;③无短指(趾)、短肢畸形;④类风湿因子(IgM)在70%～80%患者中为阳性;⑤20%～25%患者皮下有类风湿结节。
3.痛风 虽然也有多关节受累和手、腕、足、踝等部关节肿痛，但以下各点和大骨节病明显有别：①发病年龄大部分在40岁以上;②绝大多数患者第一次发作时为单关节炎，X线检查为不对称性软组织肿胀，多发生于下肢关节;③受累关节有红、肿、热、痛等急性炎症表现，疼痛剧烈，且常有戏剧性的突然发作和突然缓解;④在关节或其他部位皮下有痛风石，皮肤如溃破排出白色尿酸盐结晶;⑤急性期有发热、寒战、白细胞数升高等全身反应;⑥血尿酸值常增高，有些患者有血尿、尿痛史或排出结石史;⑦给予秋水仙碱治疗，症状迅速缓解。因此容易和大骨节病鉴别。
4.氟骨症 氟骨症患者晚期亦可发生广泛的关节退行性变，关节边缘骨质增生，关节活动障碍，步态蹒跚。但与大骨节病不同之处甚多，例如：①发病地区不同，两种病重叠的地区很少;②发病年龄一般都在成年以后;③多有氟斑牙;④以脊柱及四肢大关节受累为主，很少累及手、足等小关节，无短指(趾)畸形;⑤骨骼病变以骨硬化为主，伴有骨周软组织的广泛钙化，骨化;⑥有些患者椎管变窄，椎间孔变小，造成脊髓和神经根损伤。故不难与大骨节病鉴别。
5.软骨发育不全 在短肢畸形、身材矮小方面应与大骨节病性侏儒相鉴别。其主要不同之点是：①为先天性，出生后即四肢短小，生长缓慢;②前额明显突出，鼻梁深度凹陷;③X线全身多处有软骨发育不全畸形;④干骺端增宽呈喇叭形，长骨两端膨大非常明显;⑤关节不痛或很轻。
6.佝偻病 重症者虽然也影响骨骼生长发育，但多见于婴幼儿;有佝偻病特有的囟门关闭迟、方颅、鸡胸、肋骨串珠等表现：X线下骺线增厚，呈毛刷样;下肢骨干弯曲形成“X”型或“O”型腿。这些都和大骨节病明显不同。
7.克汀病 虽然也有身材矮小，但生后不久即表现出生长发育滞后;有明显智力和性功能障碍;有不同程度的听力和语言障碍;X线骨龄明显落后，干骺闭合延迟。容易和大骨节病区别。
在我国和国外，还有几种与大骨节病有某些类似的地方性骨关节病。例如：①?病(?子病)：主要流行在四川川西平原的大邑、广汉以及川南丘陵地的内江、资中、资阳、简阳等市县部分农村;②Mseleni病：发生在南非北Zululand的Mseleni及其邻近地区;③Malnad病(家族性关节炎)：发生在印度Malnad地区的40多个村落。这3种地方病和大骨节病的相似之处较多，例如：多在儿童和青少年时期发病;都发生在贫困农户;引起骨骼生长障碍和关节活动障碍，不成比例的肢体缩短等。和大骨节病不同的是，这3种病都主要侵犯四肢大关节，特别是髋关节受累重，而指(趾)小关节则病变轻或不受累。由于这些病的流行地区比较狭小，实际上不存在和大骨节病相鉴别的问题。他们和大骨节病或许是“姊妹病”。这3种病发生在相距十分遥远的不同国度，却为何如此相似，在病因上是否有共同之处，是很值得探讨的问题。