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1.卵巢纤维瘤应注意与卵泡膜细胞瘤、腺纤维瘤、囊腺纤维瘤及纤维上皮瘤等鉴别。缺乏脂肪组织可用于鉴别纤维瘤和卵泡膜细胞瘤，但不能用于区分纤维瘤和卵泡膜纤维细胞瘤，这两类肿瘤常无法很满意地区分开来。卵巢严重水肿和纤维瘤样病(也常出现严重水肿，并累及整个卵巢)可与水肿的纤维瘤混淆，应予以鉴别。合并胸、腹腔积液的患者应注意与卵巢恶性肿瘤鉴别，以免误诊。Perry等(1996)报道1例68岁乳腺癌患者发生乳腺癌卵巢纤维瘤内转移，这种肿瘤-肿瘤的转移实属罕见。
2.卵巢多细胞性纤维瘤与纤维肉瘤总结Prat和Scully报道的11例与6例卵巢纤维肉瘤。
3.原发性纤维肉瘤卵巢纤维肉瘤应与多细胞性纤维瘤鉴别。尽管分化较好的纤维肉瘤与之鉴别困难，但核分裂象是较好的鉴别指标。通常纤维肉瘤核的分裂象>4/10HPF。
4.卵巢原发性黏液瘤应与下列疾病鉴别：
(1)纤维瘤伴黏液变性：该病某些区域内含有正常纤维组织。
(2)卵巢重度水肿：病人常较年轻，病变部位可见各级卵泡，而卵巢黏液瘤看不到。
(3)黏液瘤样脂肪肉瘤(myxomatousliposarcoma)：该瘤含有脂肪，血管形成更多见，至少在某些区域含有脂肪母细胞。
(4)黏液性囊腺瘤和黏液性囊腺癌：包括原发和转移的。这些肿瘤含有上皮细胞，可以显示有腺体分化。无星状和梭状细胞。
(5)胚胎型横纹肌肉瘤(embryonalrhabdomyosarcoma)：该瘤外观不均一，细胞较大，细胞异形性明显，含横纹肌母细胞。此外，胚胎型横纹肌肉瘤的肌纤维免疫组织化学染色，肌动蛋白和结蛋白阳性。超微结构中可见Z带形成。