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1.尚未确诊的低血糖症 应与癫痫、精神分裂症、癔症以及各种脑血管病相鉴别。但是以上疾病也可以与低血糖同时发作，更要注意鉴别，及时测血糖，以排除。
2.已确立低血糖症者 应从不同病因所致的低血糖症相鉴别。
(1)反应性低血糖(功能性低血糖)：该病常与情绪有关，症状较轻，多在白天发作(多在早饭后或午饭后)，与饥饿、运动无关。常常在高糖饮食后易发作。进食较多，伴肥胖。测空腹血糖、OGTT、禁食试验、D860等激发试验均呈阴性反应。
(2)肝源性低血糖：低血糖发作多在清晨空腹、饥饿或运动促进发病，病情呈进行性。空腹血糖正常或低于正常，OGTT呈糖尿病样曲线，但在服糖后4～7h血糖降低。低糖饮食可诱发。禁食试验呈阴性反应。这些病人伴有肝脏严重疾患，肝功能异常。
(3)胰岛B细胞瘤：典型低血糖发作。多在清晨、饥饿及运动促进发作，病情呈进行性加重，发作时血糖很低。OGTT，血糖为低平曲线。血清胰岛素、C肽、胰岛素原浓度明显升高;禁食试验、D860等激发试验均呈阳性反应。，
(4)药物性低血糖：多发生在糖尿病病人、注射胰岛素或服用磺脲类降糖药物者。
应重视病史。若因胰岛素注射过量所致者，血清胰岛素明显升高而C肽不升高。若是血清胰岛素、C肽水平升高，而胰岛素原轻微升高者，支持磺脲类引起的低血糖症。后者常常服糖后，血糖恢复较慢。
(5)胰外肿瘤所致低血糖：临床低血糖发作典型，但测血清胰岛素、C肽、胰岛素原水平均很低。近年来发现该肿瘤分泌过多的IGF-Ⅱ(胰岛素样生长因子-Ⅱ)，血清中IGF-Ⅱ上升，或IGF-Ⅱ对IGF-Ⅰ的比值增高，可协助诊断。
(6)内分泌疾病引起的低血糖：垂体前叶功能低下、生长激素缺乏、肾上腺皮质功能低下(艾迪生病)、甲状腺功能低下等内分泌疾患，均可发生低血糖。但通过病史、临床表现、各种激素测定、内分泌功能检查，可作出明确诊断。
