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脑血栓形成除了要与出血性脑血管病鉴别外，还需与脑栓塞、短暂脑缺血发作、动脉粥样硬化性脑梗死等相鉴别。此外，也要与其他颅脑疾病如颅内占位性病变、脑瘤、硬膜下血肿、脑脓肿、脑炎、脑寄生虫病等鉴别。但依靠病史及检查(包括辅助检查)，常不难鉴别。
