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1.皮肤炭疽必须和其他原因所致的皮肤损伤相区别 如金黄色葡萄球菌所致的蜂窝织炎、痈等，一般都有明显的肿痛而无焦痂;牛痘所致皮肤损伤和皮肤炭疽非常相似，但往往是痛性的;羊天花(羊接触感染性深脓疱)以及挤奶人结节都是由副痘病毒感染所致，传染源分别为羊和牛，一般都没有水肿。另外，接种疫苗也能产生类似皮损，患者有近期接种史，一般发生在具T细胞缺陷患者;由于恙螨叮咬所致的恙虫病也具有焦痂，并不痛不痒，有附近淋巴结肿大，但皮损一般都位于如腹股沟、腋下、会阴、外生殖器等隐蔽部位。水疱或溃疡处病原学检查可确诊。
2.肺炭疽早期和一般上呼吸道感染相似，出现呼吸困难应与传染性非典型肺炎、钩端螺旋体病、肺鼠疫相区别，多通过流行病学特征以及病原学诊断相鉴别。
3.肠炭疽临床上似痢疾、伤寒或耶尔森肠炎，有时似急腹症，但其毒血症症状明显，大便或呕吐物培养结果可帮助鉴别。
4.炭疽性脑膜炎须与脑血管意外、其他病原所致脑膜炎鉴别，脑脊液涂片见粗大的呈竹节状的炭疽杆菌可确诊。
5.炭疽败血症尚应和其他细菌所致的败血症相区别。病原学检查可帮助确诊。