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1.应与流感、粟粒性结核、伤寒、传染性单核细胞增多症、败血症等鉴别。脑膜炎者与其他细菌感染引起者鉴别,与其他宫内感染性疾病相鉴别,均依赖实验室检查结果确诊。
2.对于小于5岁的儿童,应该和中毒性细菌性痢疾相鉴别,后者可因高热、抽搐为主要表现,症状不典型,多在夏季发病,面色青灰,四肢冰凉,可立即进行冷盐水灌肠,可见粘液脓血便即可确诊。