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通过仔细分析家族史，不同人群的家族性发病率从4%到31%不等，表明遗传因素占主导地位。 X染色体异常已被认为是的主要原因。随着分子生物学的进展，研究人员在常染色体上发现了越来越多的相关候选基因。研究人员发现，9%至40%的患者患有与其他内分泌腺或系统相关的自身免疫性疾病，如自身免疫性甲状腺炎。
系统性红斑狼疮重症肌无力甲状旁腺功能减退症，类风湿性关节炎特发性血小板减少性紫癜糖尿病。患有卵巢早衰的患者通常有两种或更多的自身免疫性疾病，而甲状腺疾病是所有伴随自身免疫性疾病的最常见原因。
卵巢手术史中肿瘤放疗和化疗的历史是导致卵巢衰竭的医源性因素。病毒感染史也是卵巢功能衰竭的罕见原因之一，尤其是腮腺炎和AIDS的病史。由于与自身免疫相关，有必要询问家人或患者是否有自身免疫性疾病史，如甲状腺疾病糖尿病红斑狼疮，类风湿性关节炎白癜风和克罗恩病。有三种典型的短身材，体型畸形和性天真的表现。其他相关的罕见综合征或自身免疫性疾病各有其特有的体格检查结果，特发性体征少。第二性征发育不全在原发性闭经中较常见，在继发性闭经中较少见。
雌激素和孕激素替代疗法对年轻患者非常重要，可缓解低雌激素症状和泌尿生殖道萎缩，并可预防结肠癌长期并发症的风险达37%。但长期存在一定的风险，如子宫内膜癌和乳腺癌的发生，但有研究表明，黄体酮每月应用雌激素和孕激素替代疗法超过10天可降低子宫内膜癌的风险几乎为零。乳腺癌的风险略有增加，但死亡率并未增加。通常使用雌激素和孕激素顺序联合方案。在应用之前，应进行个体化的权衡并进行必要的监测并遵循进行了。
