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流行期间做好宣传工作，开展卫生运动，搞好室内卫生，注意个人及环境卫生，儿童避免到拥挤的公共场所。提倡少开会、少走亲访友。
1.早期发现和隔离患者 做好本病的预测和预报工作，以防止疫情传播和扩大。对患者应进行呼吸道隔离。在某一局部地区有暴发流行时，可对该区及其周围地区人群作紧急菌苗预防注射。
2.流脑菌苗免疫注射 A群多糖菌苗接种后保护率达90%左右，副作用极小，注射后2星期左右大多数受种者的体内即可测出杀菌抗体，且持续2年以上。剂量为30μg。最佳免疫方案是在预测流行到来之前，对易感人群进行一次普种，要求覆盖率达85%～90%以上，以后对6个月～2岁的婴幼儿每年基础免疫1针，共2针，间隔1年，可以降低低年龄组的发病率，提高人群的免疫反应性，起到延长流行间歇期的作用。国外已研制成C群单价、A C群和A C Y W135群(CPS)的多糖菌苗。A群与C群菌苗对4岁以上儿童具有90%左右的免疫效果，免疫保护作用的时间约3年。但是它对幼儿免疫效果较差，保护时间较短。可能由于该菌苗在该年龄组只能引起特异。IgM抗体反应而不能引起特异IgG抗体反应。至今国内外尚未获得满意的B群Nm疫苗，以外膜蛋白(0MP)为基础的B群Nm疫苗在古巴、智利、挪威和巴西等国进行了现场观察。所试的B群OMP疫苗对5～21岁人群有70%左右的免疫保护效果，对1～4岁儿童无明显的保护效果，对2岁以下的儿童无预防作用。我国也筛选获得了一种B群Nm外膜蛋白复合物(OMPC)。现在已经将它与国产的A群脑膜炎球菌多糖疫苗偶联到一起，构建了一种ACPS-BOMPC的偶联物，初步试验证明了此偶联物既增强了A群脑膜炎球菌多糖的免疫原性，还具有B群NmOMPC的免疫原性，而且它的安全性和稳定性也比较好。
3.药物预防 由于至今国内外尚未获得满意的B群Nm菌苗，A群菌苗对其又无预防作用，当监测发现由B群Nm引起的病例增多时，可以对患者的密切接触者进行药物预防。由于首发病例发病后4天内密切接触者即可发病，故必须及早进行药物预防。可应用利福平或米诺环素。利福平成人剂量为600mg，儿童为10mg/kg体重，2次/d，共服2天。米诺环素亦有效，但有眩晕等副作用。对磺胺药敏感的地区，仍可用磺胺嘧啶预防，成人4～6g/d，儿童100～200mg/(kg·d)，分2次口服，共服3天。在流行期间，不论是否接受药物预防，均应对密切接触者作医学观察，早期发现病例，积极治疗。