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(一)发病原因
奇孔古尼亚热病毒属披膜病毒科A组病毒，呈球形或稍具多角形，平均直径42nm，内有核心，直径20～30nm，为单股RNA病毒。只有一个血清型，其抗原性与O’nyony-nyony病毒、Mayaro病毒、Semlikiforest病毒同为一个亚组。在非洲和亚洲分离的毒株间有较小的抗原性差异。小白鼠、大白鼠、地鼠等易感。该病毒可在鸡胚成纤维细胞，北京鸭肾及猴肾细胞，HeLa细胞中繁殖。病毒在宿主细胞内复制。
(二)发病机制
病毒侵入人体后，迅速进入局部淋巴结，并在其中不断繁殖，3～4天后进入血液循环形成病毒血症。继之，病毒侵入肝、脾、肾、心、骨髓、淋巴等处。数日后病毒从血中消失，而淋巴结、脾、骨髓中依然存在。
黄热病的病理损害是由于病毒聚集于不同器官和组织并在其中繁殖所致，主要受损脏器为肝、肾、心，其他组织器官亦可有不同程度的退行性变。
肝脏病变主要在小叶中带，肝细胞混浊肿胀，胞核变大，呈多发性微小空泡性脂肪改变，凝固性坏死及嗜酸透明变性。炎症反应轻微或缺乏，无明显组织增生。严重肝脏病变可导致深度黄疸、出血及低血糖等。肾脏病变轻重不一，自肾小管上皮浊肿至肾小管坏死，特殊染色可见肾小球基底膜增厚，球囊间隙与近端肾小管腔内有蛋白质物质。远端肾小管存在透明与色素管型。肾功能减退和尿毒症系因血容量减少，肾小管坏死等所引起。心肌有广泛退行性变和脂肪浸润。重症病例可有灶性出血，病变常累及窦房结和希氏束，临床可出现心率减慢、心律失常、心衰等症状。脑部偶见水肿及小的出血灶。组织学变化以细胞变性、脂肪浸润、坏死，而无明显的炎症细胞浸润为特点。病灶呈散在性分布。