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急性血吸虫病有误诊为伤寒、阿米巴肝脓肿、粟粒性结核等。血象中嗜酸性粒细胞显著增多有重要的鉴别诊断价值，不可忽视。慢性血吸虫病肝脾肿大型应与无黄疸型病毒性肝炎鉴别。后者食欲减退、乏力、肝区疼痛与肝功能减损均较明显。急性和少数慢性血吸虫病患者可有HBsAg假阳性(RPHA法)，与嗜异性抗体有关。故应同时检查血清中其他乙型肝炎的标志或不使用RPHA法。血吸虫病患者有腹泻、便血者粪便孵化阳性，而且毛蚴数较多，易与阿米巴痢疾，慢性菌痢鉴别。晚期血吸虫病与门脉性及坏死后肝硬化的鉴别：前者常有慢性腹泻便血史，门静脉高压引起巨脾与食管下段静脉曲张较多见，肝功能损害较轻，黄疸、蜘蛛痣与肝掌较少见，但仍需依赖多次病原学与免疫学试验检查才能鉴别。应当指出，在流行区血吸虫病合并乙型病毒性肝炎在国内较为常见。此外，在流行区的癫痫患者均应除外脑血吸虫病的可能。