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食管结核临床表现轻重不一。病人多以吞咽困难、吞咽痛或胸骨后疼痛为主诉就诊，缺乏典型的结核中毒症状。有的病人以呕血(hematemesis)为首发症状，甚至表现为内科治疗无法控制的消化道大出血！
一般而言，食管结核病情较轻者临床可无症状，仅于死后尸解时发现;病情严重者则有发热、疲乏、无力、消瘦及盗汗等全身症状。绝大多数食管结核症状属于病程晚期全身抵抗力明显下降的一种局部表现，病人常未得到确诊而死亡。由于食管结核可并发于晚期肺结核，或伴有咽喉结核，其食管的症状常被肺部或咽喉的症状所掩盖。
食管结核的临床表现有以下3个特点：
1.起病症状无特异性 食管结核起病缓慢，几乎都有吞咽困难及轻度咽下功能障碍症状，部分病人还伴有胸骨后疼痛不适、乏力与盗汗等症状。这些症状表现及发展过程与食管恶性肿瘤相似，偶尔被接诊医生视为食管癌的主要症状，从而未作相关的全面检查而误诊误治。
2.发病率低 由于食管结核在临床上罕见，因而在诊断与鉴别诊断中很容易被忽略。甚至有时病人因吞咽困难而就诊，已发现合并有其他部位的结核病灶的情况下，仍未考虑到结核累及食管的可能。
3.临床表现各异 食管结核的病理类型及食管黏膜受损程度不同，病人的临床表现也不同。
(1)溃疡型：其突出症状为咽喉或胸骨后疼痛，有时为背痛，多呈持续性，吞咽时加重，病人有畏食现象，随后体重减轻。
(2)增殖型：表现为进行性吞咽困难。
(3)颗粒型：颗粒型症状较轻，有时较为严重者也可出现吞咽困难。
食管结核结合病史、临床表现、X线以及内镜检查有可能作出诊断。其中主要依靠后两项检查。尤其是同时患有肺结核、脊椎结核、咽喉结核或纵隔淋巴结结核的病人，出现吞咽困难或进食时胸骨后疼痛，应疑有本病可能。
以下几点可作临床诊断的参考：①年龄偏低，50岁以下发病率较高;②女性病人多;③病程短，病人有吞咽困难及胸痛症状一般少于3个月;④有结核病史者约占50%。
根据上述几点，对可疑食管结核病人，着重询问结核病史及结核接触史，进行结核菌素试验，综合分析其他各项辅助检查结果。必要时重复内镜检查，明确组织学诊断。胸部CT检查可以了解肺部及纵隔淋巴结情况，对CT值进行综合分析，了解病变范围，可减少诊断与治疗上的盲目性，降低手术探查率。