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轻症病人可无症状，重者临床上多表现吞咽疼痛、咽下异物感、咽下不适，部分病人出现吞咽困难。最常见症状为疼痛性吞咽困难、胸骨下痛、呕吐及胃肠道出血，可伴有真菌性口腔炎，黏膜上有很多小白点、片，脆弱易出血。内镜检查见白色或奶油样小点或融合成假膜，食管黏膜有明显充血、结节及溃疡。
血清学试验敏感性不高，确诊依靠内镜下细胞刷刷取白苔涂片检查，显微镜下见到假菌丝、菌丝及酵母菌。活检组织学检查见到真菌成分也具有诊断价值，但敏感性较差。免疫机制受到损害的病人有疼痛性吞咽困难时，要高度怀疑食管念珠菌感染，口腔检查发现黏膜上有典型真菌口腔炎的白色小点。念珠菌性食管炎病人中见到真菌性口腔炎者占20%～80%。肯定性诊断应在活检中见到念珠菌侵犯组织。渗出物及组织的细菌学检查有助于诊断。