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对病人进行就地严格的隔离，并采取上述各条防护措施，对控制本病蔓延是有效的。对曾经发生本病流行的地区进行人员进出方面严格的管制，对从疫区来的人员进行严格的检疫是必要的。
目前对本病尚无可供实际应用的主动免疫的措施。但有文献报告表明，用埃博拉病毒的DNA疫苗接种给猕猴，并以表达该病毒核心蛋白的腺病毒载体强化，然后以具有强毒力的野生型埃博拉病毒攻击，可以有效地保护实验动物不发生该病毒感染。用小鼠进行的研究也表明，表达埃博拉病毒糖蛋白或核心蛋白的DNA，可以以剂量依赖的方式保护致死性埃博拉病毒的感染。也有人将埃博拉病毒的核心蛋白基因或糖蛋白基因重组到减毒委内瑞拉马脑炎病毒的RNA中，以此重组体免疫小鼠或豚鼠，并以埃博拉病毒进行攻击。其结果，该重组体可保护小鼠免受埃博拉病毒感染。该重组体经进一步研究可作为埃博拉出血热的候选疫苗。