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本病的潜伏期为2～21天，但多在7～14天。病人突然出现发热、寒战、头痛、肌痛、疲乏与食欲减退。随着疾病进展，出现呕吐、腹泻、排血样便。可有腹痛、胸痛、咽痛。发病数天后可出现斑丘疹样皮疹。病人出现凝血障碍，注射部位可出血不止，皮肤、胃肠道及其他内脏亦可出血，严重出血可导致休克及死亡。
本病的临床表现与其他病毒性出血热相似，确定诊断须靠病原学或血清学诊断。用实验室方法从病人或可疑受感染者血液或其他临床标本中检测出埃博拉病毒的抗原、抗体或核酸或用病毒分离方法分离出此病毒即可诊断。但因本病传染性强，作诊断检测的实验室必须具备严格的防护设施的相应的措施。目前在非洲疫区使用的实验室检查方法有检测特异性IgM和IgG抗体的ELISA和Western印迹试验。也有人用反转录PCR方法检测该病毒的RNA。Saijo等近期报告，应用以基因工程方法制备的埃博拉病毒核心蛋白质羧基段110和102个氨基酸的肽为抗原，开发出检测埃博拉病毒IgG抗体的ELISA方法，具有很高的特异性和敏感性，对埃博拉病毒和马尔堡病毒感染具有很强的诊断意义。