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临床常需与以下疾病鉴别：
1.再生障碍性贫血 表现为发热、贫血、出血三大症状，肝、脾、淋巴结不大，与继发性免疫性血小板减少性紫癜伴有贫血者相似，但一般贫血较重，白细胞总数及中性粒细胞多减少，网织红细胞不高。骨髓红、粒系统生血功能减低，巨核细胞减少或极难查见。
2.急性白血病 继发性免疫性血小板减少性紫癜特别需与白细胞不增高的白血病鉴别，通过血涂片中可见各期幼稚白细胞及骨髓检查即可确诊。
3.过敏性紫癜 为对称性出血斑丘疹，以下肢为多见，血小板不少，一般易于鉴别。
4.红斑性狼疮 早期可表现为血小板减少性紫癜，有怀疑时应检查抗核抗体及狼疮细胞(LEC)可助鉴别。
5.Wiskortt-Aldrich综合征 除出血及血小板减少外，合并全身广泛湿疹并易于感染，血小板黏附性减低，对ADP、肾上腺素及胶原不发生凝集反应。属隐性遗传性疾病，男婴发病，多于1岁内死亡。
6.血栓性血小板减少性紫癜 见于任何年龄，基本病理改变为嗜酸性物栓塞小动脉，以前认为是血小板栓塞，后经荧光抗体检查证实为纤维蛋白栓塞。这种血管损害可发生在各个器官。临床上表现为血小板减少性出血和溶血性贫血，肝脾肿大，溶血较急者可发热，并有腹痛、恶心、腹泻甚至出现昏迷、惊厥及其他神经系症状。网织红细胞增加，周围血象中出现有核红细胞。血清抗人球蛋白试验一般阴性。可显示肾功能不良，如血尿、蛋白尿、氮质血症、酸中毒。预后严重，肾上腺皮质激素仅有暂时组合缓和作用。
7.特发性血小板减少性紫癜 继发性血小板减少性紫癜常可查到病因，如感染、各种脾肿大疾病、骨髓受侵犯疾病、化学和药物过敏和中毒等。而特发性血小板减少性紫癜，无论病史、临床表现和实验室检查均找不出病因。