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1.粪便检查
(1)粪便常规检查：高倍显微镜(400倍)白细胞>15个，红细胞少量即可临床诊断菌痢;白细胞≤15诊断肠炎。
(2)镜检亦可查见虫卵，涂片可查见阿米巴滋养体、霍乱弧菌。
2.粪便培养 对各种细菌，原虫感染可进行细菌学培养。
3.电镜检查 轮状病毒，诺瓦克病毒可用电镜检查粪便，明确诊断。
4.大便潜血 上消化道出血，小肠、结肠炎变，癌症早期。
5.粪便中还原物质检查 阳性显示近端小肠黏膜损伤，双糖酶缺乏，糖吸收不良。蔗糖为非还原糖，结果阴性。
6.粪便pH检查 pH<5.5，糖类吸收不良经细菌发酵产生α分子有机酸，导致pH降低，故测定pH有助于糖类消化不良的诊断。
7.右旋木糖(D-xylose)排泄试验 小肠吸收功能不良时，口服木糖后尿中排出量减少。
8.粪便中脂肪苏丹染色 阳性有助于小肠、胰、胆汁性脂肪泻的诊断。
9.血清免疫学检查 各种抗原抗体免疫学试验有助于各种感染性腹泻的病原学诊断，如肥达反应对伤寒、副伤寒的确诊。
10.病毒分离 对各种病毒性腹泻具有确定诊断的主要意义。
11.动物接种和动物模型 结核杆菌培养困难，一般用动物接种，有利于确诊。
1.X线检查 X线在透视下，动态观察食管、胃、十二指肠、小肠、大肠直至肛门，整个消化道的运动功能，形态，有无溃疡，有无占位性病变都有很重要的诊断价值。对于胃、十二指肠溃疡，肠套叠，也可获确诊。对急腹症，肠胀气，肠淤血，坏死性小肠炎，肠穿孔，肠梗阻，均具有重要意义。此外通过钡剂灌肠可鉴别局限性肠炎、溃疡性结肠炎、吸收不良综合征等慢性腹泻病例。
2.超声波检查 腹部B超对胃肠、肝胆的形态，占位性病变等提供形态学诊断依据。
3.磁共振成像(MRI) MRI对肝脏肿瘤，特别是肝脏恶性肿瘤与囊性病变的鉴别诊断很有意义。还可以用于炎性肠病及坏死性小肠结肠炎，淋巴瘤和外伤后肠壁血肿的诊断。MRI具有无放射损伤，检查无不适，无并发症等优点，但检查时间长，价格贵，临床只能选择使用。
4.CT检查 在小儿腹部疾病的鉴别诊断中起重要作用，主要用于腹部包块，腹腔脓肿、外伤、肝、胰等疾病的诊断和鉴别诊断。
5.纤维胃镜及纤维结肠镜检查 上消化道内镜包括3种：纤维内镜，电子内镜及被动式小肠镜。这些内镜具有影像清晰，可以拍照，录像，活检，便于治疗，目前已广泛用于儿科临床。上消化道内镜的适应证为：消化道溃疡，疑及黏膜炎症，呕血、便血，咽下困难和咽下疼痛，急性上腹和右上腹疼痛，反复呕吐，误服腐蚀物或异物。亦可用于介入治疗：止血，扩张狭窄，取出异物。
结肠镜的适应证：下消化道出血，慢性腹泻，疑及炎症性肠病，肿瘤监测，炎症性肠病，各种息肉病综合征等。介入治疗：摘除息肉，取出异物，中毒巨结肠排气，扩张狭窄及止血。
内镜检查是一项介入性检查，可以带来损伤及并发症，特别是医院内感染。对患儿也有一定痛苦，因此一定要严格掌握适应证和禁忌证，检查前后充分做好准备，减少并发症的发生。
6.病理检查 活体组织病理检查对腹泻的确诊具有决定意义。各种内镜的检查，使活检成为可能，为病理检查提供了材料，使病理与临床密切配合从而得出正确诊断。近年来通过胃肠道黏膜的组织学检查，对以下疾病的诊断取得了很大成绩：非热带性脂肪泻，炎症后肠病，牛奶及大豆蛋白不耐受，嗜酸粒细胞性肠炎，Crohn病，微绒毛包涵体病，急性出血性坏死性肠炎，先天性巨结肠等，通过组织学检查，为疾病的确诊提供了病理诊断。
7.腹腔镜检查 可在直视下或取活体组织做病理检查以明确诊断。
8.剖腹探查 对某些疑难病例，内科手段无法确诊，肿瘤不能除外，或者疑及某些外科疾患时，可采取剖腹探查手段，明确诊断，同时也便于通过外科手术予以治疗。
9.呼吸试验 自20世纪60年代，临床陆续开展了一些有应用价值的呼吸试验(breath test)。这些试验通常经过试餐后收集受试者呼出气，经过仪器对特定成分进行分析测定，达到对临床疾病的诊断目的。由于方法简便，无创伤性，且适合于各年龄组儿童患者，因此可广泛应用于胃肠病临床，成为诊断胃肠病的有效手段之一。
(1)氢呼气试验：
①乳糖氢呼气试验(lactose hydrogen breath test)：用于诊断乳糖吸收不良。
②蔗糖氢呼气试验：用于诊断原发性蔗糖-异麦芽糖缺乏。
③诊断小肠细菌过度生长的氢呼气试验：可用于诊断小肠细菌过度生长。正常情况下小肠相对无菌，在某种病理情况下，如盲襻综合征(blindlloop syndrome)，空肠憩室，胃酸缺乏，胃大部切除后，回盲瓣切除，肝硬化，免疫缺陷等情况下，结肠细菌可在小肠上部生长，引起一系列症状，如腹痛，腹泻，脂肪泻等。本试验有利于上述疾病的确诊。
(2)二氧化碳呼吸试验：
①检测脂肪吸收：14C标记的三油酸甘油酯呼吸试验为检测脂肪吸收不良简便可靠的方法。14C标记的三油酸甘油酯呼吸试验可以鉴别胰腺功能不全与非胰腺功能不全引起的脂肪泻。
②检测糖类吸收：应用天然富含13C-乳糖呼吸试验，可以诊断乳糖吸收不良。
③诊断小肠细菌过度生长：14C-甘氨胆酸试验可用于诊断小肠细菌过度生长。
④尿素呼吸试验：用于检测幽门螺杆菌。幽门螺杆菌为胃内感染的一种细菌，与消化性溃疡，胃炎等疾病有关。这种细菌含有相当高活性的内源性尿素酶，通过14C-尿素呼吸试验，可以检测出幽门螺杆菌感染，与细菌培养及组织学检查对照，其诊断敏感性可达98.7%，特异性可达97.1%。除了用于诊断外，还可以用于抗菌治疗后追踪检查，该试验能准确反映幽门螺杆菌的阴转、复发及再感染，因此可以作为疗效判定及筛选有效药物时的重要手段。目前已用于临床。