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1.肝内其他囊性占位如肝内胆管囊肿、肝脓肿、肝脏寄生虫性囊肿(包虫病)及肝脏肿瘤液化坏死等,在临床上有时需要进行鉴别,也有个别病例被误诊为肝囊肿进行治疗。肝内胆管囊肿穿刺为胆汁,ERCP有显影;肝脓肿一般有感染病史,穿刺液脓性,培养有细菌生长;肝脏包虫病行血清补体结合试验(Cassonistest)多呈阳性;肝脏肿瘤多同时伴有其他症状及生化改变。
2.肝外性囊肿如胆总管囊肿、胰腺囊肿、肠系膜囊肿及胆囊积水,临床结合特殊检查包括B超、CT扫描、ERCP等,一般鉴别诊断不困难,但有个别病例仍误诊,直至手术治疗时方可明确诊断。
3.根据病史、体征以及有关肝功能和肝癌的实验室检查等,可与肝细胞癌相鉴别。